E-Cell System

E-Cell System ist ein Konzept zur Konstruktion virtuellen Zellen auf Computern.
E-Cell System ist eine objektorientierte Software-Suite für die Modellierung, Simulation und Analyse von großen komplexen Systemen wie biologische Zellen, von Kouichi Takahashi architected und von einem wunderbaren Team von Entwicklern geschrieben. Kernstück des Systems, E-Cell Simulation Environment Version 3 ermöglicht viele Komponenten von mehreren Algorithmen mit unterschiedlichen Zeitskalen zu koexistieren angetrieben.
E-Cell-Projekt ist ein internationales Forschungsprojekt mit dem Ziel der Entwicklung notwendigen theoretischen Stützen, Technologien und Software-Plattformen, um genaue Ganzzell-Simulation zu ermöglichen.
E-Cell System besteht aus den folgenden drei Teilen:
- E-Cell Simulation Environment (oder E-Cell SE)
- E-Cell Modeling Environment (oder E-CELL ME)
- E-Cell Analysis Toolkit

Eigenschaften :

• Grundfunktionen:
• Objektorientierte Modellierung und Simulation komplexer Systeme.
• Plug-in-Architektur. Neuer Benutzer-Objekt-Klassen entwickelt werden kann, dynamisch geladen und in der Simulation verwendet wird.
• Echtzeit-Benutzer-Interaktion und Visualisierung während der Simulation.


• Scripting:
• Python Scripting einer Simulationssitzung (RUN / STOP / Parametermanipulation / Datenverarbeitung etc ...).
• Python Scripting eines Simulationsexperiment, das viele Läufe der Simulationssitzungen beinhaltet (zB Parameter-Tuning, metabolische Kontrollanalyse etc ..)
• Python Scripting von Modelldatei Generation (zB für die automatisierte Modellbau von Datenbanken).


• Kompatibilität:
• SBML Niveau 1/2 Importieren.
• SBML Ebene 1/2 exportieren.


• Parallel Berechnung:
• Shared-Memory, Multi-Thread-Parallelisierung eines einzigen Simulationssitzung. (In den Hauptzweig zusammengeführt werden.)
• Cluster und Grid verteilte Berechnung mehrerer Simulationssitzungen. Sun Grid Engine, (Globus Toolkit).

Was ist neu in dieser Pressemitteilung:.

• Diese Version bietet verschiedene Bugfixes

Was ist neu in Version 3.1.107 RC2:

• einen Fehler in ecell.Session.saveLoggerData Feste (). (Moriyoshi)
• einen Fehler in ecell.ECDDataFile behoben. (Moriyoshi)

Was ist neu in Version 3.1.107 RC1:

• Problem behoben Zusammenstellung auf neueren GCC (& gt; = 4.3). (Moriyoshi)
• Integrierte pyecs in pyecell. (Moriyoshi)
• Merged ecell.emc in ecell.ecs statische Initialisierer Verrücktheit in irgendeiner Plattform (einschließlich Mac OS X) zu vermeiden. (Moriyoshi)
• Zwei GUI-Frontends (Session-Monitor und Modell-Editor) wurden erneuert, um zwei Pakete von Python-Modulen, ecell.ui.osogo und ecell.ui.model_editor sein. (Moriyoshi)
• Moved GtkSessionMonitor zu ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor, die in Ecell / frontend / SESSION_MANAGER befindet. (Moriyoshi)
• Umbenannt ecell.SessionManager zu ecell.session_manager. (Moriyoshi)
• Entfernt die folgenden Konstanten aus ecell.ecs_constants. (Moriyoshi)