goby

Grundel ist ein Python-API zum Lesen von Binärdaten-Dateien mit dem Goby Next-Gen-Daten-Management-Framework erstellt.
Normalerweise kommt dieses Verzeichnis als Teil des kompletten Goby-Paket, erhältlich von:
& Nbsp; http: //goby.campagnelab.org/
Das Komplettpaket beinhaltet den Java-Quellcode. Wenn Sie dieses Paket von PyPI oder einem anderen Python-spezifische Quelle heruntergeladen haben, können Sie nur die Python Teil des Codes erhalten haben.
Entwicklung Warnung
Die Goby Python-Bibliotheken sind nicht so ausgereift wie die Java-Implementierung. Es kann mehr fehlerhaft sein und ist nicht beabsichtigt, den vollständigen Satz von Funktionen, die in der Java-Version zu finden sind bieten.
Installation:
& Nbsp; 1. Vergewissern Sie sich, Python 2.5 oder neuer. Wenn Sie Zweifel haben, führen:
python -V
& Nbsp; 2. Downloaden und installieren Sie die Voraussetzung Python-Pakete:
& Nbsp; 1. Protocol Buffers
& Nbsp; Ab http://code.google.com/p/protobuf/ oder PyPI
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - Python Ersatz für java.util.Properties
& Nbsp; Ab http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& Nbsp; 3. Installieren Sie das Paket Goby:
python setup.py install
& Nbsp; Diese Stufe kann Superuser-Rechte erfordern.
Anwendung:
Beispiel-Scripts bereit, um zu zeigen, wie man den Inhalt Goby Dateien in Python zugreifen.
& Nbsp; * Hier ist, wie man eine Goby Ausrichtung Datei scannen:
& Nbsp; GobyAlignmentStats.py Basisnamen
(Die Dateien basename.entries und basename.header verlassen muss.)
& Nbsp; * Der nächste Befehl wird der Inhalt eines Ausrichtungs Datei als Text zu drucken:
GobyAlignmentToText.py Basisnamen
& Nbsp; * Der nächste Befehl wird eine kompakte wandeln liest Datei fasta Format:
GobyCompactToFasta.py file.compact liest
& Nbsp; * Der nächste Befehl wird Statistiken über den Inhalt eines kompakten drucken liest Datei:
GobyReadsStats.py file.compact liest

Anforderungen :

• Python