STEPS ist ein Paket für die exakte stochastische Simulation von Reaktions-Diffusions-Systeme in beliebig komplexe 3D-Geometrien. Unsere Kernsimulationsalgorithmus ist eine Implementierung Gille SSA, verlängert, um mit der Diffusion von Molekülen über die Elemente eines 3D-Tetraedergitter behandeln.
Während es vor allem für die Simulation von detaillierten Modellen neuronaler Signalwege in Dendriten und Synapsen um entwickelt, es ist ein allgemeines Werkzeug und kann für die Untersuchung keine biochemischen Weg, in dem räumlichen Gradienten und Morphologie werden gedacht, um eine Rolle spielen werden.
Wir haben Schritte als eine Reihe von Python-Modulen, was bedeutet, STEPS Benutzer können Python-Skripte verwenden, um alle Aspekte der Einrichtung des Modells, wodurch eine Masche, die Steuerung der Simulation und Erzeugung und Analyse von Ausgabe zu steuern implementiert. Die Kernrechenroutinen werden immer noch als C / C ++ Erweiterungsmodule für maximale Geschwindigkeit der Ausführung realisiert.
. STEPS wird unter der GPL v3 Lizenz vertrieben
Anforderungen :
- Python
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