Die Bioinformatics Benchmark-System ist ein Versuch, einen vernünftigen Test-Framework, Tests und Daten aufbauen, um Endkunden und Anbietern zu ermöglichen, die Leistung ihrer Systeme zu untersuchen.
Was wir versuchen zu tun, ist es, einen Rahmen für die Prüfung, und einen Kernsatz von Tests, die alle können herunterladen und verwenden, um bestimmte Elemente der Systemleistung Sonde erstellen.
Darüber hinaus ist die Quelle für diese Tests sind verfügbar unter der GPL, und sind auf Bioinformatics.org und Scalable Informatics LLC gehostet Die Idee ist, Endnutzern, Verbrauchern, Systementwickler und andere ermöglichen die einfache Erstellung und verwenden Sie aussagekräftige Tests zur Messung und Tuning Gründen .
Joe Landman von Scalable Informatics LLC die Idee und schrieb die Originalcodes. Wir suchen weitere Benchmark-Code Vorschläge, Tests, Datensätze usw. suchen
Aktuelle Baseline-Tests sind mehrere NCBI BLAST läuft, mehrere HMMER läuft, und eine Vielzahl von anderen. Wir planen, ClustalW, X! Tandem, verschiedene Chemie, Dynamik und die damit verbundenen Tests, sowie einige andere.
Tests wie LINPACK oder HPL einfach nicht bieten aussagekräftige Leistungsindikatoren oder Vorhersagemodellen für die Hochleistungsinformatik. Leider, noch eine Reihe von neueren und fokussierten Tests.
Dies ist ein Problem, wie LINPACK und HPL speziell testen Sie die Leistung auf verschiedenen Matrix-Operationen, wo Sie effektiv regulären Speicherzugriffsmuster und spezielle mathematische Operationen haben.
Diese Codes sind sehr nützlich für den Vergleich mit Codes mit schweren Gleitkomma-Operationen und verschachtelte Speicherverkehr. Diese Codes sind nicht für umfassende Systeme Benchmarking, wo Disk-I / O, Speicher-Latenz und andere Faktoren tragen zu den Performance-Probleme entwickelt.
Die besten Tests sind diejenigen, die am ähnlichsten zu den Codes finden Sie auf der Maschine ausgeführt werden. Die Tests selbst sollten vernünftige Annäherungen an einem realen Ausführung des Codes, mit Echtdaten sein. Möglicherweise müssen Sie es um realistische Laufzeiten erhalten pare zurück.
Sie sollten über eine angemessene Teilmenge der Daten Größen. Ein einzelner Test nicht sagen Ihnen, wie Sie Ihr System skaliert, und einer der Gründe für die Existenz dieses Tests ist speziell um Ihnen zu erlauben, um die Leistung zu testen, während Sie verschiedene Aspekte der Arbeitsbelastung zu erhöhen.
Sie bekommen selten einen Ruhesystem in einem Cluster, so dass wir empfehlen, dass Sie versuchen, in so realistisch einer Betriebsumgebung wie möglich laufen. Eine Baseline in einem ruhenden System ist in Ordnung, aber es kann Ihre Erwartungen unangemessen gesetzt.
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