Staden-Paket ist eine vollständig entwickelte Reihe von DNA-Sequenz Montage (GAP4), Bearbeitung und Analyse-Tools (Spin) für Unix, Linux, Mac OS X und MS Windows.
Auf der Vorderseite GAP4 gab es mehrere kleinere Füge verwandten
Verbesserungen, wie es Partituren Joins in Suche Internal Joins und die
Funktionalität des align-Button in der Join-Editor.
Auch von Bedeutung, um GAP4 sind die verschiedenen Änderungen io_lib (der
Bibliothek für alle I / O, um verschiedene Trace-Datei-Formate). Unter Zusatz
einer neuen hash_exp Programm erlaubt es jetzt experimentieren Dateien zu sein
miteinander verkettet und indexiert. Die Liste der Versuch Dateinamen
sollte Stil zugeführt werden, um GAP4, aber sofern die EXP_PATH Umgebung
variable richtig eingestellt ist GAP4 in der Lage, individuelle Abruf
Sequenzen aus dem verketteten Experiment-Datei
Archiv. Verbesserungen an der Benutzerschnittstelle für diese bedürfen noch der
hergestellt.
454 SFF-Archive werden nun besser unterstützt. Die defsult 454 Indizes
jetzt arbeiten, auch wenn die hash_sff Programm kann verwendet werden, um ein liefern
alternative Indexstrategie (möglicherweise schneller in einigen Fällen).
GAP4 und trev anderen Trace Anzeigeformat für Spuren haben auch, dass
haben 1 Probe-Scan (x4 Kanäle) pro Basis Anruf. In diesem Fall kann es
Auch zeichnen 4 Vertrauenswerte anstelle von 1 pro Basis. Diese Fähigkeiten
ermöglicht eine bessere Integration der Solexa Spuren bei leichter
zur Verfügung.
Und natürlich die übliche Mischung von Fehlerkorrekturen und kleinere Verbesserungen. Siehe
vollständige Änderungsprotokoll für Details (über die Sourceforge-Website).
Andere bemerkenswerte Änderungen
GAP4
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