CaPSID

Screenshot der Software:
CaPSID
Softwarebeschreibung:
Version: 1.4.3
Upload-Datum: 20 Feb 15
Entwickler: Shane Wilson
Lizenz: Frei
Popularität: 85

Rating: 4.0/5 (Total Votes: 1)

Kapsid ist eine umfassende Open-Source-Plattform, die eine Hochleistungsrechenpipeline für Erreger Sequenzidentifizierung & nbsp integriert; und Charakterisierung im menschlichen Genom und Transkriptom zusammen mit einer skalierbaren Ergebnisdatenbank und eine benutzerfreundliche Web-basierte Software-Anwendung für die Verwaltung, Abfrage und Visualisierung von Ergebnissen.
Erste Schritte
Sie erhalten eine MongoDB-Datenbank benötigen, eine Python-Installation 2.6+ und Apache Tomcat 6 +. Für weitere Informationen, lesen Sie die Wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home

What ist neu in dieser Pressemitteilung:

  • Fixes Fehlermeldung beim Ausführen von Subtraktion und Ausrichtung nicht gefunden
  • Weitere Arbeiten zur Befestigung lange laufende Abfragen

Was ist neu in Version 1.4.2:

  • Entfernt MongoKit Abhängigkeit

Was ist neu in Version 1.4.1:

  • Fixes Cursor Timeout für lange Lauf Statistik Queries

Was ist neu in der Version 1.4.0:

  • Fügt Statistiken, während sie werden nicht alle laufen am Ende
  • Speichert eindeutige ID für Gene als uid

Was ist neu in Version 1.2.7:

  • Fixes README

Was ist neu in Version 1.2.6:

  • Subtraktion filtert nicht zugeordnete beim Bau abgebildet liest

Was ist neu in der Version 1.2:

  • Dienstprogramm zum fastq-Dateien erstellen von nicht zugeordneten liest
  • Dienstprogramm zum Schnittpunkt der fastq Dateien zurück
  • Dienstprogramm zum Filter fastq Dateien zurück
  • hinzugekommen mapq Schwelle Flagge Subtraktion
  • Gbloader können nun Bakterien und Pilzgenomen laden
  • Speichert Genomsequenzen zur Datenbank mit GridFS
  • Reduzierte Speicherbedarf bei der Berechnung der Statistik
  • verwenden Teilprozesse statt os.system
  • mapq Partituren Filter muss 0
  • schließen

Was ist neu in der Version 1.1:

  • Fügt Unterstützung für Paar-End liest

Was ist neu in Version 1.0.1:

  • Unterstützung für MongoDB Authentifizierung

Anforderungen :

  • Python

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