SSuMMo

SSuMMo ist eine Bibliothek von Funktionen, um iterativ entwickelt, mit hmmer um Sequenzen zu Taxa zuzuordnen. & Nbsp; Die Ergebnisse sind sehr annotiert, die Art / Gattung Verteilung innerhalb dieser Gemeinschaft.
Programme mit dem Quellcode enthalten sind Werkzeuge, um: -
- Erstellen Sie eine hierarchische Datenbank von Hidden-Markov-Modelle - dictify.py;
- Zuweisung Sequenzen erkannt taxonomischen Namen - SSUMMO.py;
- Analyse der biologischen Vielfalt, mit Simpson, Shannon & andere Methoden- rankAbundance.py;
- Visualisierung von Ergebnissen als Kladogramme mit einem ausgeprägten Fähigkeit, leicht zu greifende Datensätze vergleichen - comparative_results.py
- Konvertieren Ergebnisse phyloxml Format: dict_to_phyloxml.py;
- Build HTML-Darstellung - dict_to_html.py.
- Grundstück Verdünnung Kurven und die Berechnung entsprechend der Artenvielfalt Indizes
Python-Quellcode wird hier, sofern auf Google Code. Die vorgefertigten hierarchische Datenbank von HMMs sowie eine optimierte SQL-Taxonomie-Datenbank (zur Ableitung Reihen der einzelnen Taxa verwendet) kann heruntergeladen werden unter: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
Für installieren Informationen finden Sie in der Readme entnehmen. Für Nutzungsinformationen, gibt es eine Wiki (siehe oben), und eine vorläufige Bedienungsanleitung ist in die svn trunk hinzugefügt

Anforderungen .

• Python