Burrows-Wheeler Aligner

Burrows-Wheeler Aligner (BWA) ist ein leistungsfähiges Programm, das verhältnismäßig kurze Nukleotidsequenzen gegen eine lange Referenzsequenz richtet wie das menschliche Genom.
Die Software implementiert zwei Algorithmen, BWA-kurzen und BWA-SW. Die bisherigen Arbeiten für Abfrage-Sequenzen kürzer als 200 bp und diese für längere Sequenzen bis zu rund 100kbp.
Beide Algorithmen tun gapped Ausrichtung. Sie sind in der Regel genauer und schneller auf Anfragen mit geringen Fehlerraten. Bitte lesen Sie den BWA-Seite für weitere Informationen.
Ist BWA ausrichten 454 liest?
& Nbsp; Ja und nein. Die BWA-SW Bestandteil BWA funktioniert gut auf 454 liest über 200 bp oder länger. Es erzielt ähnliche Ausrichtungsgenauigkeit zu SSAHA2 während viel schneller. BWA-SW funktioniert auch für kürzere liest, aber die Empfindlichkeit geringer ist. Darüber hinaus bedeutet BWA-SW nicht unterstützt Paired-End-Ausrichtung.
Was ist die maximale Abfragesequenzlänge ausgerichtet?
& Nbsp; Es ist nur BWA-Kurz auf kürzer als 200 bp liest empfohlen. Obwohl BWA-kurze Werke für bis zu wenigen kbp Abfrage im Prinzip, seine Leistung beeinträchtigt. Für lange liest, ist BWA-SW besser.
& Nbsp; Die BWA-SW-Komponente kann eine BAC-Sequenz (etwa 150kbp) gegen das menschliche Genom auszurichten. Die Geschwindigkeit in Bezug auf ausgerichteten Basen pro Einheitszeit ist vergleichbar mit der Geschwindigkeit 1kbp Leseausrichtung. Grundsätzlich sollte BWA-SW in der Lage, ein paar Mbp Abfragesequenz mit ähnlicher Geschwindigkeit ausrichten zu können, aber ich habe nicht versucht.
Was ist die Toleranz von Sequenzierungsfehler?
& Nbsp; Bwa-Kurz ist vor allem für die Sequenzierung Fehlerquote unter 2% bestimmt. Obwohl Benutzer können sie bitten, mehr Fehler von Tuning-Kommandozeilenoptionen zu tolerieren, wird seine Leistung schnell abgebaut. Beachten Sie, dass für Illumina liest, BWA-Kurz kann optional trimmen minderwertige Basen vom 3'-Ende vor der Ausrichtung und ist somit in der Lage, mehr ausrichten liest mit hoher Fehlerrate in den Schwanz, die typisch für Illumina Daten.
& Nbsp; BWA-SW toleriert mehr Fehler gegeben längere Ausrichtung. Simulation legt nahe, dass BWA-SW kann durchaus gegeben 2% Fehler eines 100bp Ausrichtung, 3% Fehler für eine 200 bp, 5% bei 500 bp und 10% für 1000 bp oder länger Ausrichtung zu arbeiten.
Hat BWA finden chimären liest?
& Nbsp; Ja, die Komponente BWA-SW in der Lage, Chimäre zu finden. BWA-Berichte in der Regel eine Ausrichtung für jeden zu lesen, aber ausgeben kann zwei oder mehr Anordnungen, wenn die Lese- / Contig ist eine Chimäre.
Ist BWA Anruf SNPs wie MAQ?
& Nbsp; Nein, BWA tut nur die Ausrichtung. Dennoch gibt es Ausrichtungen in der SAM-Format, die von mehreren generischen SNP Anrufern wie samtools und GATK abstützt.
Ich sehe einen Lese in einem Paar hat eine hohe Abbildungsqualität, aber der andere Lese hat null. Ist das richtig?
& Nbsp; Das ist richtig. Abbildungsqualität wird für einzelne Lese zugeordnet, nicht für einen Lesepaar. Es ist möglich, dass ein Lese eindeutig zugeordnet werden, aber seine Gattin fällt in einen Tandom wiederholen und damit die genaue Position kann nicht bestimmt werden.
Ich sehe ein Lese zeichnet sich das Ende eines Chromosoms und ist als nicht zugeordneten (Flag 0x4) gekennzeichnet. Was geschieht hier?
& Nbsp; Intern BWA verkettet alle Referenzsequenzen in eine lange Folge. Kann ein Lese an der Kreuzung von zwei benachbarten Referenzsequenzen abgebildet werden. In diesem Fall wird BWA Flagge das Lesen als nicht zugeordnete, aber Sie werden sehen, Position, Zigarre und alle Tags. Eine bessere Lösung wäre es, eine alternative Position zu wählen oder zu schneiden die Ausrichtung aus dem Ende, aber dies ist ziemlich kompliziert in der Programmierung und wird nicht in dem Moment durchgeführt.
Ist BWA Arbeit an Referenzsequenzen länger als 4 GB insgesamt?
& Nbsp; Nein, das ist nicht möglich und wird nicht in naher Zukunft aufgrund der technischen Komplexität des Auftrags unterstützt werden.
Errata
Die Suffix-Array Intervall von einem leeren String sollte [0, n-1], wobei n die Länge der Datenbankzeichenfolge, nicht [1, n-1] wie in Li und Durbin (2009 und 2010) festgestellt wird. Entsprechend müssen wir definieren, O (a, -1) = 0 und Überarbeitung der Pseudocode in Abbildung 3 von Li und Durbin (2009). BWA-Implementierung ist tatsächlich richtig. Der Fehler tritt nur auf dem Papier. Wir entschuldigen uns für die Verwirrung und danken Nils Homer und Abel Antonio Carrion Collado für diesen Hinweis