Pathomx

Pathomx (früher MetaPath) ist ein Open-Source-Grafiksoftware in IPython, Qt und PyQt umgesetzt, von Grund auf entwickelt, um als interaktives Dienstprogramm für die Visualisierung und Analyse von Stoffwechseldaten unter GNU / Linux und andere POSIX & nbsp handeln; Betriebs Systemen. Es wurde ursprünglich entwickelt, um für die Verarbeitung von Metabolomics data.Features auf einen glanceKey Funktionen verwendet werden, umfassen die Unterstützung für den Import und Export NMR (Nuclear Magnetic Resonance) Daten, Spektren Verarbeitung, einschließlich der Normalisierung, Binning und Ausrichtung, aber auch Stoffwechselweges Visualisierung und Bergbau. Sie werden auch in der Lage, genomische und Metabolomics-Daten auf verschiedenen Wegen für die Visualisierung auf bestimmten Bahnen importieren.
Verschiedene MetaCyc Datenbank Anmerkungen sind auch in der Anwendung Pathomx, unter denen wir Datenbank Einheit links, Synonyme, sowie zugehörige Wege und Reaktionen erwähnt enthalten. Bitte beachten Sie, dass die MetaCyc Datenbank wird von der öffentlichen API abgeleitet.
Die Anwendung verwendet die leistungsstarke MetaCyc Datenbank für die schnelle Erforschung komplexer Datensätze dank erweiterbar und konfigurierbar Plugins. Darüber hinaus verwendet es die Numpy und Scipy Bibliotheken für Nummer Handhabung, Matplotlib für die grafische Darstellung, nmrglue für die NMR-Datenimport, d3.js für interaktive Grafiken und scikit-learn für die statistische Analyse methods.Under die Haube und unterstützt OSesLooking unter der Haube Pathomx, können wir feststellen, dass der Antrag auf IPython Kommando-Shell gebaut. Es funktioniert auch gut unter Microsoft Windows und Mac OS X-Betriebssystemen, für die es zum Download als vorgefertigte Binärpakete zur Verfügung steht. Für GNU / Linux ist die Software nur als gzip-Quellarchiv mit 32-Bit und 64-Bit-Hardware-Plattformen kompatibel verteilt.
Bei der Verwendung von Pathomx sollten Anwender im Auge zu behalten, dass die Anwendung nutzt Daten aus dem MetaCyc Weg Datenbank selbst, die ein Teil der Familie BioCyc ist. Die MetaCyc API verwendet, um die zur Verfügung gestellte Datenbank, die lokal gespeichert wird

Was ist neu in dieser Pressemitteilung:.

• Eine völlig neue Drag & Drop-visuellen Editor wurde hinzugefügt.
• Es ermöglicht Ihnen, Analyse-Workflows, indem Sie Werkzeuge in den Arbeitsbereich, die Bearbeitung Verbindungen, indem Sie die Datenleitungen zwischen den Werkzeugen und mit Inline-Ansichten, einen Überblick über aktuelle Bearbeitungs zu erstellen.
• Die Daten können in den Arbeitsbereich für den sofortigen Import gelöscht werden.
• Sie fügte hinzu, auch Live-per-Tool Fortschritte Benachrichtigungen, Bars und Statusanzeigen.
• Fehler werden mit Hilfe Text gekennzeichnet (Tooltips auf Werkzeuge, wenn angegeben rot).

Anforderungen :

• Graphviz