tigreBrowser

tigreBrowser ist eine Genexpression Modellbrowser für Ergebnisse aus tigre R-Paket (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
Installation:
tigreBrowser erfordert Python-Version> = 2.5. tigreBrowser kann mit dem folgenden Befehl installiert werden:
python setup.py install
Weitere Informationen über die Installation von Python-Modulen (zum Beispiel die Installation ohne Root-Rechte nur für den aktuellen Benutzer) finden http://docs.python.org/install/
Ab-Server
Der Web-Server in tigreBrowser enthalten muss, um das tatsächliche Ergebnis-Browser ausgeführt werden.
Sie benötigen einen vom tigre R-Paket (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html) erzeugten Datenbankdatei. Dieses Paket enthält eine Test-Datenbankdatei "database.sqlite", die verwendet werden können, um tigreBrowser testen. Die Testdatenbank wurde mit Hilfe der Anleitungen und Beispieldaten in Tigre Paket erzeugt.
Führen tigreServer.py um die grafische Benutzerschnittstelle des Servers zu starten. Um das Ergebnis Browser zu starten, muss man zuerst einen Datenbankdatei, deren Ergebnisse angezeigt werden. Dies kann durch die 'Open-Datenbankdatei "die Auswahl und die Auswahl einer Datenbankdatei durchgeführt werden. Die Datenbankdatei sollte keine Schreibrechte. Der Server kann dann, indem Sie auf "Start Server" gestartet werden. Wenn Sie darauf klicken, wird ein Etikett unter den Tasten, um den URL des Ergebnisses Browser zeigen.
Das Ergebnis-Browser ist jetzt in dieser URL mit einem normalen Web-Browser zugänglich. Anweisungen zur Verwendung des Browsers sind im nächsten Abschnitt dieses Handbuchs. Der Browser ist verfügbar, bis der Server mit der "Stop-Servers Taste gestoppt.
tigreServer.py kann auch mit einer Befehlszeilenschnittstelle verwendet werden. Starten Sie das Skript mit '--help' Option für weitere Details.
Mit der Browser
Dataset Auswahl
Der Datensatz Auswahl bestimmt, welche Ergebnisse werden im Ergebnis Auflistung und in welcher Reihenfolge angezeigt werden. Der Versuchsaufbau Auswahl wird die Versuchsreihe auszuwählen. Nur Ergebnisse dieser Experimente werden in der Liste angezeigt.
Weiter in der Datenmenge Auswahl ist die Auswahl der Transkriptionsfaktor (TF) oder Ziel gesetzt, abhängig davon, ob das Ergebnis Browser so eingestellt ist, Zielranglisten-Ansicht oder Regler-Ranking-Modus (siehe Installation). In Ziel-Ranking-Modus ist die TF-Auswahl zur Verfügung und die Ergebnisse Auflistung enthält Ergebnisse für verschiedene Ziele mit dem angegebenen TF. In Regler Ranking-Modus wird der Zielsatz ausgewählt und der Liste werden die Ergebnisse für die verschiedenen Aufsichtsbehörden zu zeigen.
Da die Anzahl der Ergebnisse kann hoch sein, können die Ergebnisse in mehrere Seiten aufgeteilt werden. "Anzahl von Genen pro Seite" Auswahl kann verwendet werden, um die Anzahl der Ergebnisse zeigte, einzustellen. Es kann nützlich sein, um die Anzahl der Ergebnisse, wenn die Seite geladen wird langsam durch riesige Zahl der Bilder zu verringern.
Schließlich kann die Reihenfolge, in der die Ergebnisse zeigten mit dem "Sortieren nach" Auswahl geändert werden. Die Ergebnisse werden absteigend von der gegebenen Kriterium sortiert werden.
Filtering
Die Ergebnisse können nach verschiedenen Kriterien gefiltert werden. Man kann zum Beispiel zeigen nur Ergebnisse für Gene, die Z-Score höher als ein bestimmter Schwellenwert haben.
Es ist möglich, mehrere Kriterien beim Filtern zu kombinieren. "[+]" Link kann verwendet werden, um ein weiteres Kriterium hinzu. Ein Kriterium kann ebenfalls mit entfernt werden "[-]" Link (nicht gezeigt, wenn nur ein Kriterium gibt es). Wenn mehrere Kriterien verwendet werden, um ein Gen, das Ergebnis muss alle Kriterien erfüllen, die in der Auflistung gezeigt werden.
Filtering wird aktiviert mit "Filter anwenden" Kontrollkästchen.
Hervorheben
Wenn Gene in der Datenbank enthalten ergänzende Daten, können die Ergebnisse mit, dass die Daten hervorgehoben werden. Die verfügbaren Optionen sind Hervorhebung mit den Farben zu diesen Optionen verbundenen zeigte.
Die Hervorhebung Werke, die farbigen Kästchen unterhalb der Sonde Namen in der Folge Angebot für Gene, die Zusatzdaten, die die Auswahl übereinstimmt.
Suche
Es ist möglich, die Suchergebnisse für den gegebenen Genen. Die Suche funktioniert durch Eingabe von Komma getrennte Liste der Gen oder Sonde Namen dem Suchfeld. Gene Aliase kann auch als Sucheingabe verwendet werden.
Anzeige der Ergebnisse
Die Ergebnisse für die jeweilige Auswahl der Datenmenge, Filter, Highlights und Suche wird gezeigt, wenn "Senden" angeklickt wird. Die Datenbank wird dann für die Ergebnisse, die die angegebenen Auswahl entsprechen abgefragt werden. Schaltfläche "Zurücksetzen" können Sie alle Selektionen und Textfelder zu löschen.
Die Ergebnisse Auflistung enthält mehrere Spalten. In der ersten Spalte ein Sondenname ist mit einem GENENAME mit der Sonde verbunden sind angezeigt. Neben dem Gen Namens ist die Genexpression Gestalt, wenn man in der Datenbank definiert. Die folgende Spalte enthält die tatsächlichen Ergebnisse für Gene. Alle zusätzlichen Daten wird auch hier angezeigt. Experiment Zahlen werden neben den Ergebniswerte angezeigt werden.
. Schließlich Experimentparameter, wenn in die Datenbank eingefügt werden als Tabelle neben den Ziffern dargestellt werden kann

Anforderungen :

• Python