CodonW ist ein Programm, um die multivariate Analyse (Korrespondenzanalyse) von Codon und Aminosäure Nutzung zu vereinfachen. Es berechnet auch Standard-Indizes der Codon-Nutzung. Es verfügt sowohl über Menüs und Befehlszeilenschnittstellen.
Die CodonW Projekt wurde von John Peden im Labor von Paul Sharp, Abteilung für Genetik, Universität Nottingham geschrieben. John ist in der Humangenetik arbeiten und ist derzeit als PROCARDIS Datenbankmanager an der WTCHG in Oxford University beschäftigt.
Hier sind einige der wichtigsten Features von "CodonW":
· In ANSI C konform Geschriebene
· Menügeführte
· Umfangreiche Reihe von Befehlszeilenoptionen
· Genetischer Code unabhängig
· Keine Grenzen auf
1. Anzahl der Sequenzen
2. Sequenzlänge
· Berechnet die Codon-Usage Indizes
1. CAI: Kodonadaptionsindex
2. Fop: Häufigkeit der optimalen Codons
3. Nc: Effektive Anzahl der Codons
4. CBI: Codon Bias Index
· Berechnet Aminosäure Indizes
1. GRAVY Punktzahl
2. Aromatizität
· Berechnet Korrespondenzanalyse von
1. Codonverwendung
2. RSCU (Relative Synonym Codonverwendung)
3. Aminosäure-Nutzung
· Korrespondenzanalyse
1. kann include / exclude Codons / Aminosäuren
2. können detaillierte Berichte über Trends generieren
3. Versuche, optimale Codons automatisch identifizieren
4. Weitere Daten zu ermöglichen setzt hinzugefügt werden
5. zeichnet eine beliebige Anzahl von Trends
· Berechnet Gen Parameter
1. Gene Länge
2. GC, GC3s und Codonposition spezifischen G + C
3. Dinucleotid Zusammensetzung (in allen drei Codon Frames)
4. Aminosäure-Nutzung
5. Relative Aminosäure Nutzung
6. Codonverwendung
7. Relative Synonym Codonverwendung
· Kann konzeptionell übersetzt Sequenzen zu Protein
· Formatiert Sequenzdaten
· Personal oder maschinenlesbare Ausgabe
· Kann Gene (unter Wahrung Leserahmen) verketten zu berechnen
1. Gesamt Codonverwendung
2. GC-Gehalt
3. Zusammensetzung Dinucleotid
· Erstellung von Tabellen der Codon, Aminosäure oder RSCU Nutzung
· Kann auch Ihnen helfen, den genetischen Code zu erfahren.
· Und
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