RAPTOR

RAPTOR ist eine innovative Software für die genaue Vorhersage von Proteinstrukturen entwickelt. Es kombiniert fortschrittliche Analyse-Tools in einer integrierten Software-Lösung und bietet drei verschiedene Gewinde Methoden. RAPTOR einzigartige Integer Programming Optimierungsansatz ist am effektivsten für die Suche nach Strukturvorlagen von Zielen mit geringer Sequenzhomologie und ist in der Lage, qualitativ hochwertige Modelle zu erzeugen. Die einfach zu bedienende Benutzeroberfläche und einfach zu verstehen, E-Werte sind ideal für Anfänger und Experten. Vor allem die intuitive Anzeige der Ausgangs ermöglicht es Benutzern, die Ergebnisse einfach auf einen Blick zu verstehen. Bei einer Zielproteinsequenz, wenn es ein homologes Protein mit bekannten 3D-Struktur, kann sie durch Verwendung von Sequenzsuchwerkzeuge wie PSI-BLAST, ebenfalls in RAPTOR vorgesehen gefunden werden. Struktur des Ziels wird dann aus der bekannten Struktur gebaut; jedoch, wenn die Sequenzhomologie nicht signifikant ist, dh weniger als 25%, kann PSI-BLAST nicht kommen mit einem zuversichtlichen Hit. Anders als PSI-BLAST, die einfach funktioniert ein Sequenzsuche, Protein threading, falten Anerkennung, macht Gebrauch von sowohl Homologie und Strukturinformationen. Er tastet die Proteinsequenz mit einer unbekannten Struktur gegen eine Datenbank bekannter Strukturen. Durch die Verwendung einer Bewertungsfunktion und die Durchführung der Vereinbarkeit zwischen dreidimensionalen Strukturen und lineare Proteinsequenzen, die beste Strukturvorlage aus, die Struktur der Sequenz aufbauen, identifiziert werden. Als Ergebnis Protein Threading bietet eine überlegene Vorhersage als Homologie-Modellierung, wenn es marginal Sequenzhomologie

Einschränkungen .

Eingeschränkte Funktionalität