NeuronVisio

NeuronVisio verbindet mit NEURON mit der neuen Python NEURON-Schnittstelle.
Installation:
Um NeuronVisio installieren Sie die folgenden Abhängigkeiten zu erfüllen müssen
& Nbsp; * pygtk
& Nbsp; * Sicht
& Nbsp; * matplotlib
Einfache Installation
Der einfachste Weg, neuronvisio bekommen ist, wenn Sie Setuptools installiert:
easy_install neuronvisio
Ohne Setuptools, ist es noch recht einfach. Laden Sie die Datei von neuronvisio.tgz neuronvisio die cheese Seite, entpacken Sie es und Durchlauf:
python setup.py install
Dokumentation
Die Dokumentation ist im Ordner doc oder online.
Quickstart
Dieser Code ist nur eine Idee, wie man nrnvisio Modul verwenden zu geben:
1. Starten Sie einen ipython Konsole mit pylab Schalter .:
& Nbsp; ipython -pylab # Wenn Sie diesen Schalter nicht verwenden, werden Sie sehen keine Grafik.
2. Importieren Sie das Modul:
& Nbsp; von neuronvisio.controls Einfuhrkontrollen
& Nbsp; Kontrollen = Controls ()
Wenn nrnvisio gestartet wird der Thread gestartet. In diesem Thread ganze Prozess der nrnvisio werden ohne Blockieren der Konsole geschehen.
Als kleines Beispiel Mit dem folgenden Code:
& Nbsp; 1. Erstellt eine einzelne Abschnitt namens Soma
& Nbsp; 2. Legen Sie eine Hodgkey-Huxley-Kanal und einen passiven Leitfähigkeit
& Nbsp; 3. Legen Sie eine alphaSynapse einen stimul bieten.
Ein kurzes Beispiel können die folgenden sein ::
von nrnvisio.controls Einfuhrkontrollen
Kontrollen = Controls () # Starten der GUI
Import von Neuron h # Abrufen der HocInterpreter
soma = h.Section () # Erstellen einer Sektion
soma.insert ('hh') # Einfügen eines HH-Kanal
soma.insert ("pas") # Einfügen eines passiven Leitfähigkeit
syn = h.AlphaSynapse (0,5, s = Soma) # synaptischen Eingangs
syn.onset = 0.5 #, wenn sie Feuer
syn.gmax = 0.05 # die Konduktanz der Synapsen
syn.e = 0 # das Umkehrpotential
Weitere Beispiel im Beispiel-Verzeichnis zeigen, wie Neuronvisio mit komplexeren Modell verwenden

Eigenschaften .

• 3D-Visualisierung des Modells mit der Möglichkeit, es zu ändern Laufzeit
• Erstellen von Vektoren, um alle im Abschnitt vorhandenen Variablen aufnehmen
• Pylab Integration direkt zu zeichnen das Ergebnis der Simulation
• Erforschung der Zeitverlauf einer Variablen zu Zeit mit einem farbcodierten Skala
• die GUI läuft in einem eigenen Thread, so ist es möglich, die Konsole zu verwenden (dringend empfohlen ipython)

Anforderungen :

• Python