NCBI C++ Toolkit

NCBI C ++ Toolkit bietet kostenlose, tragbare, public domain Bibliotheken mit keinerlei Einschränkungen verwenden. Es funktioniert auf Unix, MS Windows und Mac OS-Plattformen:
ย ท Vernetzung und Interprocess Communication (IPC) Bibliothek iostream Adapter
ย ท MultiThreading Bibliothek
ย ท CGI-und Fast-CGI-Bibliothek
ย ท HTML-Generation-Bibliothek
ย ท SQL Datenbankzugriff Bibliothek
ย ท C ++ Oberflächenbibliothek für BerkeleyDB
ย ท C ++ iostream Teil / Wrapper-Bibliothek
ย ท GZIP und BZ2 C ++ Wrapper-Bibliothek mit iostream Adapter
ย ท ASN.1 und XML-Serialisierung Bibliothek mit C ++ Code Generator Tool (datatool)
ย ท Datum und Uhrzeit Bibliothek
ย ท File System Function Library
ย ท Befehlszeilenargument, Konfiguration und Umwelt Processing Library
ย ท Sequence Alignment Algorithmen-Bibliothek
ย ท BLAST-Engine-Bibliothek
ย ท biologische Sequenzen Retrieval und Processing Library
ย ท Tragbare FLTK und OpenGL-basierte GUI-und Grafik-Bibliotheken
Neben den oben genannten, gibt es eine ganze Menge mehr nützliche Bibliotheken, sowohl für allgemeine Zwecke und Biotech-bezogene, die sich ständig entwickelt, gewartet und in realen Produktions Hunderte von Web-und Standalone-Anwendungen und deren Programmierern verwendet werden (auch in Hunderten gezählt).
Wenn Sie ein C ++ Entwickler sind, werden Sie den tragbaren Art der Bibliotheken sehr nützlich beim Aufbau Cross-Plattform-Anwendungen zu finden, auch wenn Sie nicht viel Interesse an der Bioinformatik. Bibliotheken wie die, die für die CGI / Fast-CGI, HTML, Networking, SQL Datenbankzugriff, ASN.1 und XML-Serialisierung sind ganz allgemeine Zwecke und kann in einer Vielzahl von Anwendungen außerhalb der Bioinformatik Problembereich eingesetzt werden.
Die C ++ Toolkit erfährt aktive Entwicklung mit den Bibliotheken, die jede Nacht gebaut. Der Quellcode ist über FTP und CVS frei verfügbar. Die Dokumentation für die C ++ Toolkit ist in Acrobat PDF-Format online verfügbar in der NCBI Bookshelf-Format als auch als Buch zum Herunterladen

Was ist neu in dieser Pressemitteilung:.

• HIGHLIGHTS:
• hinzugekommen LDS2 (Local Data Storage v.2), die auf SQLite3 basiert, verfügt über neue Funktionen und eine bessere Leistung. Auch LDS2 von Objekt-Manager verwenden umgesetzt LDS2 Datenlader.
• XmlWrapp -einer bequeme Handhabung XML API hat sich vor allem fertige (und sogar poliert) gewesen.
• Implementiert Tunneln und Zulassung von HTTP-Verbindungen und Tunneln von Secure Sockets über HTTP-Proxies.
• CFormatGuess erlaubt nun die Unterscheidung zwischen GTF, GFF3 und GFF2. Es ist ein möglicherweise brechen Veränderung. Für weitere Details siehe unten.
• Implementiert große Teile CFeatTree, die Klasse, um Funktionen auf einem biologischen Sequenz in eine Hierarchie definiert, die Eltern-Kind-Beziehungen spiegelt organisieren (basierend auf den Merkmalstypen).
• corelib:
• Implementiert locale unabhängigen Umwandlung von String zu verdoppeln und zurück; veränderte Kernbibliotheken, es zu benutzen.
• NSTR :: Justify () - für die Formatierung von Textabsätze
.
• CNcbiApplication - machen FindProgramExecutablePath statische und robuster; fügen Sie eine statische geordneten GetAppName Verfahren. Suchen Sie nach globalen Konfigurationsdateien in mehr Fällen.
• CMetaRegistry :: FindRegistry -. Neue Methode Freilegung der Logik bestimmen, welche Datei (falls vorhanden) zu laden
• CEnvironmentCleaner -. Neue Klasse, um unerwünschte Umgebungsvariablen verwerfen
• CFileIO - zurück zum ursprünglichen Verhalten:. Sie die Dateizugriffsnummer nicht schließen, wenn sie über SetFileHandle () zugewiesen
• SERIAL:
• Serialisierung von anycontent Datenobjekte - fest zu erkennen und richtig zu Prozessattribute in ihren Werten
.
• Korrigiert das Lesen von XML-Daten in einem Element Standardwert, wenn sie keinen Inhalt besitzt zuweisen.
• Unterstützung für Sequenzen von Elementen, in dem das Element einen Standardwert hat.
• DATATOOL:
• Korrigierte Code-Generierung aus:
• CHOICE Datenobjekte;
• binäre Datentypen mit Attributen.
• Korrigierte Umwandlung von Doppeltyp-Werte zu mehr Stellen zu erhalten.
• CONNECT:
• Hinzugefügt Keepalive-Socket-Option (fSOCK_KeepAlive).
• hinzugekommen NCBI Verbindungstest (CConnTest).
• utilites:
• g_FindDataFile -. Neue Funktion zum Auffinden von Dateien in (konfigurierbar) Standard-Standorte
• CChecksumStreamWriter -. Neue Klasse Prüfsumme der in einen Stream geschriebenen Daten zu berechnen
• g_GZip_ScanForChunks () - neue API, um komprimierte Strom Positionen abzufragen. Hinzugefügt Umsetzung für immer Positionen für separaten gzip-Dateien in verketteten gzip-Datei.
• Hinzugefügt Komprimierung / Dekomprimierung Strom Manipulatoren (include / util / komprimieren / stream_util.hpp).
• CFormatGuess (util / format_guess. {W / k} pp) aktualisiert, mit einer möglicherweise brechen Veränderung. Der Zweck davon ist es, CFormatGuess zwischen GTF, GFF3 und GFF2 unterscheiden. Derzeit ist es Klumpen alle diese Formate in eine one 'EGTF "Wert. Die alten "EGTF" Wert (3) wird mit 'eGtf_POISONED "ersetzt und wird nicht wieder zurückgeschickt werden. Der neue Wert für 'EGTF' (21) bedeutet, eine Datei, die mit CGtfReader (objtools / Leser / gtf_reader.hpp) gelesen werden sollte. Der neue Wert 'eGff3' (22) ist für Dateien gedacht, mit CGff3Reader (objtools / Leser / gff3_reader.hpp) und 'eGff2' (24) gelesen werden, ist für Dateien gedacht, mit CGff2Reader gelesen werden (include / objtools / Lesegeräte /gff2_reader.hpp)
• BIO-OBJEKTE:
• CBioseq :: GetNonLocalId - Neue Methode, um von FASTA-Dateien mit Bereichsangaben in mehr Kontext importiert Ort Sequenzen helfen; von CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (ebenfalls neu) gewickelt.
• CSeq_id :: IdentifyAccession - Umsetzung oder Verbesserung der Anerkennung für mehr Präfixe (GA, HH, HALLO, HO-HU, JA-JO, EAAA-Ezzz und IAA-IZZ, die zum Teil entsprechen die neue Möglichkeit der DDBJ TPA WGS-Daten) und Mixed-in TPA Protein Beitritte (meist aus EMBL, aber einige von GenBank auch).
• Unterscheiden WGS Master Beitritte durch eine neue Flag-Bit. Entspannen Sie überstrengen PDB Erkennungslogik.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs -. Neue Funktionen für das Arbeiten mit Klartext-Sequenzkennzahlen, berücksichtigt von CFastaReader und etwas verallgemeinert
• SSeqIdRange - New Art (komplett mit Parser und on-the-fly & quot; Iterator Zoll) für die Arbeit mit Seq-ID Bereiche, wie gegenwärtig in einigen FASTA Defline Quelle Modifikatoren
.
• BIO-TOOLS:
• CFastaOstream - Individueller Titel einzelne Sequenzen Optional akzeptieren. Tag Negativstrang Bereichen mit führenden 'c ist.

.
• CFastaReader - Unterstützung Negativstrang-Reichweiten und kompakte Defline Stil Lücke Syntax Sequin der (? & Quot; & gt; N & rdquo; wobei N eine Zahl ist, oder & quot; & gt; unk100 & quot;)
• COBALT:
• Hinzugefügt Befehlszeilenoption -num_domain_hits, die Anzahl der konservierten Domänen pro Sequenz bei der Berechnung der Ausrichtung Einschränkungen verwendet begrenzt.
• Die phylogenetische Bäume:
• zur Berechnung phylogenetischer Baum von Sequenzvergleiche (zB BLAST und COBALT Ergebnisse) Hinzugefügt höheren Niveau Schnittstelle. Klasse CPhyTreeCalc berechnet phylogenetischen Baum und CPhyTreeFormater druckt den Baum in Newick und Nexus-Format.
• BIO-Objektbibliotheken:
• Implementiert CheckNumRows () und andere Methoden zur spärlichen Ausrichtungen.
• Um den Speicherplatzbedarf zu reduzieren: hinzugefügt schreib Haken in den Speicher durch Angleichungen nach der Deserialisierung zu reduzieren; Na-Strang verwendet nun ein Byte Speicher, sofern möglich; Score.value Wahl ist nun in Cscore eingebettet.
• Profitieren Beitritt in CSeq_id :: getLabel ().
• BIO-OBJECT MANAGER:
• Hinzugefügt Getter-Methoden für boolesche Felder CTableFieldHandle.
• hinzugekommen GetBestGeneForFeat () auf der Grundlage CFeatTree.
• Implementiert GetBestOverlappingFeat () auf CFeatTree.
• Hinzugefügt schnell CScope :: GetTaxid ().
• Implementiert Massenladen für acc / ver, gi, Label und taxid.
• Hinzugefügt Länge Null Lücken überprüfen CSeqMap und CSeqVector.
• Implementiert GetLength () und GetCoverage () für die Verbindungsstellen.
• Verbesserungen:
• Hinzugefügt Hilfsmethode, um CFeatTree vor Ort zu füllen.
• Sie Abbildung von einfachen CSeq_loc_mix Standorten in CFeat_CI Sped.
• Strengere Sortieren von Funktionen in CFeat_CI um Mehrdeutigkeiten zu vermeiden.
• CSeq_feat_Handle Getter jetzt mit Seq-Tabelle arbeiten, verfügt auch.
• Seq-Tabellenfunktionen unterstützen nun mehrstufige Benutzerfelder.
• Non Seq-Kunststück Seq-Tabellen werden jetzt auch erkannt, wenn in Split Stück entfernt.
• beschleunigte CBioseq_Handle :: ADDID ().
• Optimierte CScope :: AttachXxx ().
• Unterstützung von Split genannt Annotation.
• CSeqVector und CSeqVector_CI der CanGetRange () jetzt false zurück, anstatt eine Ausnahme.
• Lassen Sie festlegen, wie mit den vorhandenen Handgriffe in ResetHistory befassen ().
• Optimierte Wiederelternschaft, wenn mehr Funktionen auf CFeatTree hinzugefügt.
• Möglichkeit hinzugefügt CScope erstellen / löschen debuggen.
• Viele Änderungen an der C ++ Bereinigung Funktionalität, um die Bereinigung Funktionalität, die bereits vorhanden ist in C. Es ist noch mehr Arbeit mit BasicCleanup getan werden, aber bedeutende Fortschritte gemacht worden sind zu imitieren. Wenig Arbeit für ExtendedCleanup als der noch getan.
• CSeq_loc_Mapper können nun mit einem GC-Assembly initialisiert werden.
• Fehlerbehebungen:
• Feste Zuordnung von Mix Orten auf Minus-Strang in CFeat_CI.
• Viele Korrekturen in den Weg CFeatTree verbindet Funktionen.
• Einige Thread-Sicherheit Fixes.
• Tippfehler verhindert das Hinzufügen ausrichtet und Grafiken zum CSeq_annot_EditHandle.
• Sicherung gegen Ausnahmen beim Sortieren von Funktionen in CFeat_CI.
• GENBANK Datenlader:
• Registrierte HPRD externe Anmerkungen.
• in pubseqos / pubseqos2 Leser Hinzugefügt optional exclude_wgs_master param.
• Implementiert Massenladen für acc / ver, gi, Label und taxid.
• hinzugekommen CGBDataLoader :: CloseCache ().
• Verbesserung:
• Verwenden Sie Bulk-Loading-Anfragen in CScope :: GetBioseqHandles ().
• Separate Lesestatistiken nach Art der geladenen Blobs.
• Hinzugefügt Zeitstempel GenBank Debug-Meldungen.
• Verwenden Sie zum Öffnen IConnValidator PubSeqOS Verbindungen.
• Hinzugefügt Split-Version Stück Anfragen und Brocken Unterschlüssel in der GenBank-Cache zu vermeiden, mit falschen Brocken, wenn Blob geteilten Zustand ist in ID geändert.
• Hinzugefügt Sekundär weniger verwirrend param Namen für Freizeitüberschreitung.
• multiplizieren Sie keine Wiederholungszähler nach Anzahl der Verbindungen.
• OBJECT MANAGER TEST und Demo-Applikationen:
• id2_fetch_simple -. Hinzugefügt -id Optionen für beliebige Seq-ID ist
• test_bulkinfo -. Neue Testanwendung
• FASTA:
• C ++ Feature-Tabelle Funktion wurde funktioneller, wie beispielsweise für einen Teil der Bankit Projekt.
• asn2flat Dienstprogramm
• Sehr große Reihe von Änderungen an Flatfile-Formatierer, um sie näher an freibereiten Zustand (eventuell frei bereit an dieser Stelle, auch wenn einige relativ kleine Probleme bleiben) zu bringen.
• XMLWRAPP:
• Feste Segmentierungsfehler bei der Einnahme einen Verweis auf XPath-Ausdruck laufenden Ergebnisse.
• Hinzugefügt Helfer für die öffentliche ID, System-ID und DTD-Namen für externe und interne Untergruppen zu erhalten.
• Hinzugefügt Methoden, um Knotenattribute nachschlagen.
• Feste Ausführung von XPath-Ausdruck:. Es beginnt nun von der gegebenen Knoten
• Feste Suchen Attribute (einschließlich Standard), wenn ein Namensraum zur Verfügung.
• wurde die Möglichkeit hinzugefügt, um XPath-Ausdruck ohne Notwendigkeit, Namespaces explizit registrieren laufen.
• Added Fähigkeit, Behälter für das Sammeln von Fehlern und Warnungen beim Parsen Unterlagen zur Verfügung.
• Added Fähigkeit, Werte und Namespaces von Standardattributen Knoten zu ändern.
• wurde die Möglichkeit hinzugefügt, um zu testen, ob ein Attribut ist standardmäßig aktiviert.
• Added Fähigkeit, einfügen oder Attribute zu entfernen, während unter Berücksichtigung ihrer Namespaces.
• Added Fähigkeit, XML-Deklaration Streifen, wenn ein Dokument gespeichert werden.
• WindowMasker:
• Es wurde eine neue Eingabeformat, & quot; & quot ;; seqids mit diesem Eingabeformat, ist die Eingabe einer Datei, die eine Sequenz-ID in jeder Zeile, und der Algorithmus verwendet die Bio-Objektmanager zum Nachschlagen der Sequenzen.
• Es wurde eine neue Klasse CWinMaskConfig, zum Speichern aller WindowMasker Konfigurationsparameter. Die Klasse kann verwendet werden, um die erforderlichen Befehlszeilenargumente zu CArgDescriptions die Konfigurationsparameter aus der Befehlszeilenargumente hinzufügen und dann zu erhalten.
• BUILD RAHMEN (UNIX):
• Interpretieren Befehlszeilenspezifikationen von APP_PROJ oder LIB_PROJ als Stichwort zu räumen andere * _PROJ Einstellungen nicht auch dort zur Verfügung gestellt. (Benötigt GNU Make;. Baut mit Sun machen weiter wie bisher)
• Versorgung mehr Ziele in Unterverzeichnissen:. * _f (Mit lokalen Flachmakefiles auf Anfrage hergestellt, ohne auf Abhängigkeiten von anderen Teile des Baumes), * _fd (Umwickeln der obersten Ebene Makefile.flat) clean_sources und purge_sources
• Konfigurieren und seine Bequemlichkeit Skripte (Compiler / Unix / * sh.):
• Bemerkenswert neue Flagge --without-3psw -. Nicht zu verwenden, mit jedem 3rd-Party-Software
• Es wurde ein Scheck über GLEW.
• Verbesserte Kontrollen für Boost und OpenGL.
• Unterstützung Angabe Laufbahnen auf Darwin (Mac) Systeme mit modernen Toolchains.
• BLAST:
• Auf Darwin (Mac OS X), bauen nur für Intel-Prozessoren auch bei sonst universelle baut aufgrund einer PowerPC-Toolchain Begrenzung.
• Zusätzliche Unterstützung für das Abrufen von NCBI Taxonomy-IDs, für die WindowMasker Unterstützung zur Verfügung steht.
• Lassen Sie die Angabe eines Abfragesequenz zusammen mit multiplen Sequenz-Alignment-Datei in psiblast.
• Hinzugefügt Datenbank hart Maskierung Support.
• Hinzugefügt Datenbank Soft-Maskierung für übersetzte sucht.
• Unterstützung für BTOP (BLAST Traceback-Operationen) und Abfrage und unterliegen Länge in der tabellarischen Bericht.
• Befehlszeilenanwendungen - ermöglichen psiblast um mehrere Abfragen zu suchen, fügte optional -input_type für makeblastdb
• Erlaubt die Verwendung von besten Treffer und XML in blast2sequences Modus.
• Verbesserte Formatierung Leistung für Online-Durchsuchungen.
• makembindex können jetzt bauen maskierten Megablast Index direkt aus einer BLAST-Nucleotid-Datenbank unter Verwendung der Maskierungsinformationen in der BLAST-Datenbank gespeichert. Dies wird durch neue Befehlszeilenoption -db_mask erreicht zu makembindex. Die Option akzeptiert den ganzzahligen ID des durch den BLAST-Datenbank unterstützt Filteralgorithmus. Die Option kann nur in Verbindung mit -iformat blastdb angewendet werden.
• Wenn Sie einen Benutzer zu erfahren, die numerischen IDs der durch eine BLAST-Datenbank unterstützt Filteralgorithmen zu unterstützen, die Flagge -show_filters wird eingeführt. Die Anwendung der Flagge mit -iformat blastdb und BLAST-Datenbank als ein Eingang führt makembindex zur Ausgabe eine Liste der verfügbaren Filteralgorithmen und zu beenden.
• ANWENDUNGEN NetCache:
• NetCache wird überarbeitet, um die folgenden Funktionen:
• eine bessere Verwaltung der Festplattenspeicher;
• Lock-weniger Arbeit mit Blobs wird Versionierung stattdessen verwendet;
• Multi-Port-Hören und pro-Client-Einstellungen Differenzierung.
• NetCache und ICache APIs:
• Verwenden Uint8 überall für Blob-Größe.
• Lassen Teil blob Retrieval.
• Eingeführt blob Passwortschutz; leere Passwörter werden als ohne Passwort behandelt.
• Worker Knoten APIs:
• Neuer Parameter für die Beendigung des Arbeitskraft-Knoten, wenn sein Speicherverbrauch über dem festgelegten Grenzwert (Parameter & quot; total_memory_limit & quot;)
.
• Neuer Parameter für die Beendigung des Arbeitskraft-Knoten, wenn seine Laufzeit den festgelegten Grenzwert überschreitet (Parameter & quot; total_time_limit & quot;)
.
• Grid-Anwendungen:
• netscheduled
• Ein Fehler, der keine Antwort auf die Befehlswarteschlange gelöscht wurde behoben.
• remote_app
• Neue Konfigurationsparameter (& quot; TMP_DIR Zoll). Sie steuern, wie temporäre Verzeichnisname generiert wird -, um seine Länge zu reduzieren
• Melden Sie blob Schreibfehler.
• netcache_control
• Lassen Teil blob Retrieval.
• Neuer Befehl -remove um Blobs durch ihre IDs zu löschen.
• Neuer Parameter -auth zu Authentifizierungszeichenfolge angeben, die zu verwenden.
• Neue Befehle -reconf und -reinit für die Verwendung durch NetCache Administratoren.
• netschedule_control
• Aktiviert Kompatibilitätsmodus zu netschedule_control Arbeit mit älteren Arbeitnehmern Knoten zu machen.
• cgi2rcgi.cgi
• eine leere NetCache blob Erstellen Sie nicht als Platzhalter für die Fortschrittsmeldung.
• Melden Grid Fehler, die dem Benutzer gemeldet werden.
• Plätze im Parameter Job-ID zulassen.
• Unterstützung Ausgabe des Job-Status Informationen im JSON-Format.
• Lassen Sie benutzerdefinierte HTML-Templates für GRID-Fehler und andere Ereignisse festgelegt werden.
• Hinzugefügt No-Cache-HTTP-Header für das Caching von Zwischenergebnissen zu vermeiden.
• ncfetch.cgi
• Neuer Parameter für den Zugriff auf passwortgeschützte Blobs.
• Interpretieren zusätzlichen Parameter & quot; Dateinamen & rdquo; als Dateiname für die heruntergeladene Datei.

Was ist neu in der Version 31. Dezember 2008:

• In dieser Version wurde eine Methode zur Spalte spezifische berechnen pseudocounts in PSI-BLAST.
• Es refactors die Netzdienstleistungen Bibliothek.
• Sie fügt hinzu, Unit-Test-Framework und die Fehlerprotokollierung für alle Datei-API-Klassen.
• Es behebt pthread-Unterstützung auf IRIX. Es verbessert die Unterstützung von XML-Serialisierung.
• Es behebt Unterstützung für Sybase.
• Es bietet Unterstützung für kleinere Lookup-Tabellen für kleine Abfragen.
• Sie fügt hinzu, eine API zu GenBank loader Statistiken abrufen.
• Es hat andere Erweiterungen, Beschleunigungen und Bugfixes sortiert.