mpiBLAST ist ein MPI-basierte parallele Umsetzung der NCBI BLAST. Das Projekt besteht aus einem Paar von Programmen, die formatdb ersetzen und 'blastall' mit Versionen, die BLAST Jobs auf einer Gruppe von Computern mit MPI installiert parallel ausgeführt. Es gibt zwei primäre Vorteile bei der Verwendung mpiBLAST Vergleich zu herkömmlichen BLAST.
Zuerst spaltet mpiBLAST die Datenbank für jeden Knoten in dem Cluster. Weil jedes Knotens Segment der Datenbank ist kleiner sie können in der Regel im Puffer-Cache, was eine erhebliche Geschwindigkeitssteigerung aufgrund der Eliminierung von Platten-I / O. Zweitens erlaubt es BLAST Benutzer die Vorteile der effizienten, kostengünstigen Beowulf-Cluster zu nehmen, weil Interprozessor-Kommunikation Anforderungen sind gering.
mpiBLAST erzielt super lineare Beschleunigung in Situationen, wo die Datenbank zu groß, um in den RAM zu passen und nahezu lineare Beschleunigung in anderen Situationen. Es erfordert nicht eine spezielle Cluster.
Bedarf:
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