Die Spindel ist ein alternativer Ansatz für die biologische Identifizierung basierend auf der Länge der ribosomalen RNA (rRNA) Genregionen. Im allgemeinen Ausrichtungen der Primär rRNA-Gensequenzen aus verschiedenen Spezies zeigen alternierende Bereiche von Nukleotid-Erhaltung und Variationsbreite, sowohl in Bezug auf die Nukleotid-Substitutionen (gemeinhin als "SNPs"), und Einfügen / Löschen (indel) Ereignisse. Die Anwesenheit von indels ergibt Sequenzen verschiedener Längen und stellt Lücken in der Ausrichtung, in der Regel durch einen Strich bezeichnet "-".
Das Konzept für die biologische Identifizierung verwendet rRNA Gensequenzen wie folgt: konservierten Regionen werden verwendet, um variable Segmente ("Spindel hypervariable Regionen"), in dem eine Kombination von Sequenzlängen charakteristisch für jede Spezies (a "Spindel Profil") definieren. Auf diese Weise kann jede Art von einem eindeutigen numerischen Profil definiert werden.
In der Theorie ist eine Befragung von nur 6 hypervariablen Regionen mit 20 Allelen je (oder 11 Regionen mit je 5 Allele) genug, um alle eukaryotischen Arten auf der Erde, die Schätzungen zufolge zwischen 5 und 15 Millionen an Zahl, zu unterscheiden. In der Praxis ist Spindel in der Lage, 93,3% von eukaryotischen Spezies mit niedrigen intraspezifische Variation und hohe phylogenetische Auflösung unterscheiden.
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