Malign

Die in MALIGN umgesetzt multiplen Alignment Verfahren sind enge Parallelen zu denen verwendet werden, um für die Mindestlänge Kladogramme suchen. Die Logik und die Programmbefehle wird klar sein, die mit Programmen wie Hennig86, NONA und PAUP vertraut sein. Alignment-Topologien werden über verschiedene Sequenzen konstruiert und durch die Zweig swapping verbessert. Jede Ausrichtungs Topologie ergibt ein multiples Alignment und Kladogramme sind von dieser Ausrichtung konstruiert. Die Kosten der meisten parsimonious cladogram wird dann als der Mehrfach-Alignment Kosten zugewiesen.