Kaks Calculator ist ein Softwarepaket, das nicht-synonymen und auch Substitutionsraten durch die Modellauswahl und Modellmittelung berechnet. Da bestehende Methoden für diese Einschätzung ihrer spezifischen Mutation Modelle, die unterschiedliche evolutionäre Merkmale berücksichtigen, was zu unterschiedlichen Schätzungen anzunehmen, implementiert Kaks Rechner eine Reihe von Kandidaten-Modelle in einem Maximum-Likelihood-Rahmen und die informationskriterium zum Fitness zwischen Modellen und Daten messen verabschiedet, mit dem Ziel um so viele Funktionen wie zum genauen Erfassen evolutionärer Informationen in Protein-kodierenden Sequenzen erforderlich sind. Darüber hinaus werden mehrere bestehende Verfahren zur Berechnung Ka und Ks in diese Software integriert.
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