InterMine

InterMine bietet Zugriffsroutinen zu Datawarehouses angetrieben durch InterMine Technologie.
InterMine ist ein leistungsfähiges Open-Source-Data-Warehouse-System. Mit InterMine, können Sie Datenbanken biologischen Daten aus der anspruchsvolle Web-Abfrage-Tools zugreifen zu erstellen. Parser sind für die Integration von Daten aus mehreren gemeinsamen biologischen Formaten zur Verfügung gestellt und es gibt einen Rahmen für das Hinzufügen Ihrer eigenen Daten. InterMine beinhaltet eine attraktive, benutzerfreundliche Web-Schnittstelle, die funktioniert "out of the box" und kann für Ihre speziellen Bedürfnisse angepasst werden.
Alle InterMine Code ist unter der LGPL-Lizenz frei verfügbar

Was ist neu in dieser Pressemitteilung:.

• Die Verknüpfung in den InterMine:
• Es gibt einige neue Wege, um in das Bergwerk zu verbinden. Sichtbar für Details.
• Web-Service-JSON-Formate:
• Es gibt einige neue Webservice Ergebnisse Formaten. Joining jsonobjects die in 0,95 erschien, haben wir jetzt JSON Formaten für so ziemlich alles andere:
• Ergebnisse:
• jsonrows - tabellarische Darstellung der Daten mit zusätzlichen Metadaten
• & quot; jsontable & quot; . - Container-Format für den Aufbau von eingebetteten Vorlagen (siehe: Einbettung Tutorial)
• & quot; Zahl & quot; und & quot; jsoncount & quot; - Formate für nur Erhalt der Zählung einer Abfrage
• Webservice-Metadaten (Modell und Templates):
• & quot; json & quot; - Leicht parsable Versionen des Datenmodells und zur Verfügung Vorlagenliste
• Authentication Jetzt arbeiten in Perl Webservice-Client:
• Die Nutzer der Perl Webservice Client haben jetzt programmgesteuerten Zugriff auf ihre Listen und private Vorlagen. Geben Sie einfach Ihre Login-Daten an den Client Zugriff auf Ihr Konto (Ihre Daten werden in verschlüsselter Form übertragen). Diese Funktion wird mit allen Bergwerken mit Webservices, nicht nur diejenigen, bei 0,96 und oben zu arbeiten.
• Object Ergebnisse mit Webservice Clients:
• Die Perl und Java-Clients in der Lage, Ergebnisse als Objekte zurück (JSON Objekte, oder in der Perl, aufgeblasen bis zur vollen Ergebnisobjekte). Dies vereinfacht einige komplexe Datenverarbeitung Probleme, und der Umgang mit Outer Joins und Sammlungen.
• Eingebettete Tabellen:
• Sie können nun nativ in Ihre Webseiten mit JavaScript und CSS einbetten Datentabellen von jedem Bergwerk mit einer Stütz Webservice. Siehe die Einbettung Tutorial für eine Demonstration und eine Einführung in diese Technik. Achten Sie darauf, http://www.intermine.org/lib/imbedding. Spielen, um mit der neuen JavaScript-Bibliothek verfügbar
• Registry:
• Wir haben einen zentralen Vergabestelle für InterMine Implementierungen gestartet. Dies wird nicht nur als ein & quot; Gelb-Seiten & quot ;, um den Besuchern neue Datenquellen zu entdecken, und die Erleichterung Interoperabilität zwischen den Minen selbst, sondern unterstützt auch die Web Service durch die Bereitstellung einer Registrierung von Webservice-URLs und Versionen. Besuchen Sie die Registrierung auf http://www.intermine.org/registry und um Hilfe bei der Registrierung Ihres eigenen Mine besuchen RegisteringYourMine.
• Link Redirects:
• Sie können eine Eigenschaft auf Links in der Ergebnis-Seiten umleiten an jede URL haben hinzuzufügen. Siehe LinkRedirects für weitere Informationen.
• Startseite Inhalt:
• Die Homepage für InterMine kann jetzt konfiguriert, um verschiedene Informationen auf der Grundlage, ob der Benutzer neu ist angezeigt werden. Siehe HomepageConfig für Anweisungen, wie Sie dieses Verhalten konfigurieren.
• New-Tag:

Im:: admin
• Wir haben ein neues Tag hinzugefügt. Wenn Sie eine Vorlage mit der im Tag: admin, wird es nicht zeigen, bis in Ihrem Webapp. Dies ist nützlich für das Verstecken von Vorlagen InterMine die Webservices von den Benutzern benötigt werden. Siehe Tagging für eine Liste aller verfügbaren Tags.
• Liste Upload:
• Die Liste Upload-Prozess wurde verbessert.
• Weitere Änderungen:
• UPDATE - strengere mehrere Hypothesentests Korrektur Bereicherung Widgets. & Quot; Anzahl der Tests & quot; ist jetzt die Zahl der Auseinandersetzung mit der Referenzliste verbunden.
• UPDATE - hilfreicher Filteroptionen auf Bereicherung Widgets
• NEU - Holm-Bonferroni Option, um die Anreicherung Widgets hinzugefügt
• UPDATE - neue & quot; löschen & quot; Taste auf Listen Seite
• UPDATE - Wechselwirkungen displayer über AJAX geladen, so berichten Seite schneller geladen
• FIX - & quot; Score & quot; Bilder korrekt angezeigt in den Suchergebnissen
• UPDATE - Querybuilder interaktiver, Auswahl eines Elements in der Liste werden Sie wieder auf den ursprünglichen Einzelteil nach Aktualisierung der Seite / reload
nehmen
• UPDATE - Link hinzugefügt, um Spaltenübersicht in Abfrageergebnissen ist Prozesse einfacher, unterschiedliche Werte angezeigt werden
• FIX - Login Fehler bezüglich gemischt Fall Benutzernamen
• FIX - Widget Bug bei der Anzeige nach dem Export Widget Daten
• NEU - Vorlage Abfragen nach Popularität geordnet, wenn Sie eingeloggt sind, in diesem Fall werden sie vom Datum geordnet jede Abfrage zuletzt ausgeführt wurde

Sonstiges & quot; -
• FIX-Daten werden nicht in der & quot wiederholt; Abschnitt Berichtseiten
• FIX - Vorlagen auch für Unterklassen korrekt auf Berichtsseite angezeigt
• FIX - Vorlagen richtig Rendering auf Aspekt Seiten
• UPDATE - aktualisiert BIOGRID Konverter, um Änderungen in der neuesten Daten-Dateien verarbeiten
• FIX - verschiedene & quot; Gold & quot; Thema CSS und Bilder verbessert und aktualisiert
• FIX - Thread-Sicherheit in Frage Template angesprochen Tracking
• UPDATE - Tabelle Widgets gruppieren können durch ein Attribut sowie eine Klasse

Anforderungen :

• Python