Genomweite mRNA-Profiling stellt eine Momentaufnahme der globalen Zustand der Zellen unter verschiedenen Bedingungen. Allerdings tun mRNA-Spiegel keine direkte Verständnis stromaufwärts gelegene regulatorische Mechanismen. Expression2Kinases (X2K) ist ein neues Konzept für die Upstream-Regulatoren wahrscheinlich für beobachteten Veränderungen in genomweiten Genexpression verantwortlich sind. Durch Integrieren ChIP-seq / Chip und positionsgewichts Matrizen (PWM) -Daten, Protein-Protein-Wechselwirkungen und Kinase-Substrat Phosphorylierungsreaktionen X2K kann verwendet werden, um Regulationsmechanismen stromaufwärts von genomweite Unterschiede in der Genexpression zu identifizieren. Die Idee besteht darin, zuerst die wahrscheinlichsten Transkriptionsfaktoren, die die Unterschiede in der Genexpression regulieren ableiten, verwenden Protein-Protein-Wechselwirkungen, die identifizierten Transkriptionsfaktoren unter Verwendung von zusätzlichen Proteinen zum Aufbau Transkriptionsregulations Subnetzwerken auf diesen Faktoren zentriert zu verbinden, und schließlich verwendet Kinase-Substrat Proteinphosphorylierung Reaktionen zu identifizieren und zählen Kandidaten-Proteinkinasen, die am ehesten zu regulieren, die Bildung der identifizierten Transkriptionskomplexen. X2K enthält auch Werkzeuge, um Gen-Liste Bereicherung Analysen durchführen und vorherzusagen, Medikamente, rückwärts oder Veränderungen in der Genexpression verschlimmern kann. . Die X2K Ansatz kann unser Verständnis der Zellsignalisierung voranzubringen und zu entwirren Drogen Wirkmechanismen
Anforderungen :
Java Runtime Environment 6.0
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