edittag

edittag ist eine Anwendung für das Design Sammlung Sätze bearbeiten metrischen Sequenz-Tags, die Überprüfung Sequenz-Tags für die Anpassung an die Bearbeitungs metrischen und Integration Sequenz-Tags, um plattformspezifische Sequenzierung Adapter und PCR-Primer. edittag unterscheidet sich von anderen Ansätzen:
& Nbsp; * edittag erzeugt beliebige Längen von edit-metrischen Sequenz-Tags in einem angemessenen Zeitrahmen unter Verwendung von Multiprocessing
& Nbsp; * edittag produziert bearbeiten metrischen Sequenz-Tag-Sets an die ausgewählte Edit-Distanz entsprechen
& Nbsp; * edittag verwendet primer3 zu Sequenz-Tags, um PCR-Primer zu integrieren
Wir bieten mehrere große Gruppen von Bearbeitungs metrischen Sequenz-Tags mit edittag in den folgenden Formaten konzipiert:
& Nbsp; * Text - diese Datei ist in einem geeigneten Format für check_levenshtien_distance.py
& Nbsp; * csv
& Nbsp; * SQLite-Datenbank
Citation
Faircloth BC, Glenn TC. Große Gruppen von edit-metrischen Sequenzidentifizierung
Tags zu großen Multiplex Erleichterung der liest aus massiv
parallele Sequenzierung. doi_
Installation:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
wget package.tar.gz
tar -xzf package.tar.gz
python setup.py install
Quelle
git clone git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
Optionspaket (py-levenshtein)
wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
tar -xzvf python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
python setup.py install
Optionspaket (primer3)
Wenn Sie den Primer zu entwerfen Einbeziehung bearbeiten metrischen Sequenz-Tags möchten, müssen Sie zunächst eine modifizierte Version des primer3 installieren:
git clone git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
cd mod-primer3 / src
machen sie
make install
Stellen Sie sicher, dass Sie die Binärdateien von mod-primer3 an einen Ort auf Ihrem Weg zu bewegen (verschieben mindestens primer3 langen und primer3_config in das gleiche Verzeichnis in Ihrem Pfad). Sie können dann

Anforderungen :

• Python
• NumPy
• Levenshtein
• mod-primer3