CWC Simulator

CWC Simulator ist ein C ++ Implementierung der CWC, einem Kalkül für die Darstellung und Simulation biologischer Systeme & nbsp;. Nach erfolgreicher Installation (siehe INSTALL) werden Sie in der Lage, Simulationen über CWC Modelle laufen, wie in einigen Beispielen gezeigt (siehe Beispiele /).
(Die Kommandozeilen) Schnittstelle
Als generische Benutzer, sollten Sie laufen:

-i model.cwc
-o
-t
-s
-n
-c
--qt-Schwelle
-q
-w
Wo:
- ist der Name der ausführbaren Datei (Standard: scwc);
& Nbsp; - model.cwc ist die Eingangs CWC-Programm (siehe Beispiele);
& Nbsp; - Statistiken ist die Ausgabe-Dateien Präfix;
& Nbsp; - ist die Simulation-Frist;
& Nbsp; - die Abtastperiode (dh 0,12 bis 250 Punkte mit Frist = 30 zu erhalten);
& Nbsp; - ist die Anzahl der Fälle von Simulation;
& Nbsp; - ist die Anzahl der Cluster für die k-means
& Nbsp; - ist die Schwelle für die QT-Clustering
& Nbsp; - ist die Anzahl der Quantile;
& Nbsp; - muss in der Regel die Anzahl der Kerne des Systems übereinstimmen (dh 4 für Quad-Core-CPU).
Ausgang
Das Tool erzeugt:
- Einige DAT-Dateien (die abgetastete Ausgangs der Simulationen)
- Einige gnuplot Skripte, um statistische analysises zeichnen
Wir sind in einem umfassenden Handbuch arbeiten

Eigenschaften .

• Gillespie SSA-Algorithmus über CWC Modelle
• Hybrid stochastischer / determinis Semantik
• Mehrere Instanzen von Simulation mit Online-Statistik
• Optimierung für Multicore-Architekturen auf Basis von Fastflow Rahmen
• Extensible statistischen Rahmen (Mittelwert-Varianz, gefiltert Clustering etc.)
• Multiple Bewertung Semantik (Massenaktionen, Michaelis-Menten, Hill etc.)