Handy Elektro Simulation Environment (CESE) ist ein umfassender Rahmen speziell entwickelt, um Rechenelektro Simulationen durchzuführen, beispielsweise Simulationen der Kardiomyozyten-elektrische Aktivität.
Zelle Electrophysiology Simulationsumgebung ist nützlich für Simulationen von Aktionspotentialen, einzelne Ionenströme und Änderungen der Ionenkonzentrationen.
CESE ist ein plattformübergreifendes Programm, das auf jedem System, das Java-Laufzeitumgebung (JRE) Version 1.4 oder höher läuft hat. Es wurde auf Windows, Linux, Solaris, MacOS X und AIX getestet.
CESE Benutzer
CESE ist eine integrierte Umgebung zur Durchführung von Computersimulationen unter Verwendung einer Vielzahl von elektrophysiologischen Modellen.
In diesem Stadium CESE ermöglicht die Erstellung und Durchführung der Einzelzell-Modelle (die sowohl Hodgkin-Huxley (HH) und Markov aktuellen Formulierungen). Modelle der elektrischen Aktivität des Herzmuskelzellen mit Quellcode in der CESE-Distribution enthalten. Wir hoffen, dass die Anzahl der verfügbaren Modelle zu verlängern, und fügen Sie bestimmte neuronale Modelle in der Zukunft.
Die wesentliche Stärke CESE in seiner Gleichförmigkeit & # 65533; ein Programm bleibt im Prinzip für die verschiedenen Arten von Modellen. Sie können problemlos zwischen den Modellen zu wechseln und vergleichen Simulation Ausgänge. Modellparameter modifiziert werden kann, für die Ausgabe ausgewählt und / oder in dem gleichen Standard eingespannt.
CESE erweitert die herkömmlichen elektrophysiologischen Bedeutung der "voltage clamp". Sie können praktisch jede Modellvariable, einschließlich Spannung (Membranpotential), insgesamt oder einzelne Ionenströme, Ionenkonzentrationen, Temperatur, Gating Variablen etc. klemmen die Klemm Befehle können komplexe stückweise Funktionen, individuell für das Modell interessierende Variable gesetzt sein . Dies eröffnet unzählige Möglichkeiten für die Erforschung von komplexen Modellverhalten.
CESE bietet eine einfache, aber effiziente Datenvisualisierungen. Simulationsergebnisse in den Grafik- und Tabellenform Formen dargestellt werden. Stücke angepasst werden können, und Regionen von Interesse erkennen.
Obwohl CESE wurde nicht entwickelt, um eine Daten-Analyse-Tool sein, können Sie Strom-Spannungs-Beziehungen (I-Vs) erzeugen kann und berechnen statistische Parameter für eine gegebene Signal innerhalb des Programms. Sie können Ihre Daten zu ASCII exportieren, Axon Textdatei (ATF) und NetCDF Formate Analyse in Ihrem Lieblings-Paket weiter.
CESE Entwickler
CESE wurde von Grund auf erstellt bis die besten Programmiertechniken zur Verfügung, um Java-Entwickler, sowohl in Bezug auf Konsistenz und Benutzerschnittstelle Code Klarheit und Wiederverwendung zu integrieren. Wo immer möglich, CESE verlassen sich auf die verfügbaren Java-APIs (zB Java2D, Javabeans, JAXP), um den Code zu vereinfachen.
Modellherstellung erfordert eine Reihe von Housekeeping-Funktionen codiert & # 65533; Dazu gehören ODE Integratoren, Routinen für den Umgang mit Modellparametern, Speichern / Wiederherstellen von Modellzustand, Visualisierung Simulationsergebnisse usw. CESE bietet Ihnen Implementierung für diese Routinen, damit Sie auf das Schreiben des Codes für konkrete Ionenstrom (e) konzentrieren können, und CESE wird den Rest erledigen.
CESE nicht versucht, komplizierte Programmierumgebungen für sich & # 65533 zu schaffen; Vielmehr nutzt sie Kern Java-APIs. Zum Beispiel Modelle sind Java-Komponenten entsprechend der Javabeans-Spezifikation. Wir verwenden XML, um Klemm Befehle geben, und Java-Objekt-Serialisierung zum Speichern / Wiederherstellen von Modellparametern.
Was ist neu in dieser Version:
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