CaPSID

Kapsid ist eine umfassende Open-Source-Plattform, die eine Hochleistungsrechenpipeline für Erreger Sequenzidentifizierung & nbsp integriert; und Charakterisierung im menschlichen Genom und Transkriptom zusammen mit einer skalierbaren Ergebnisdatenbank und eine benutzerfreundliche Web-basierte Software-Anwendung für die Verwaltung, Abfrage und Visualisierung von Ergebnissen.
Erste Schritte
Sie erhalten eine MongoDB-Datenbank benötigen, eine Python-Installation 2.6+ und Apache Tomcat 6 +. Für weitere Informationen, lesen Sie die Wiki:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home

What ist neu in dieser Pressemitteilung:

• Fixes Fehlermeldung beim Ausführen von Subtraktion und Ausrichtung nicht gefunden
• Weitere Arbeiten zur Befestigung lange laufende Abfragen

Was ist neu in Version 1.4.2:

• Entfernt MongoKit Abhängigkeit

Was ist neu in Version 1.4.1:

• Fixes Cursor Timeout für lange Lauf Statistik Queries

Was ist neu in der Version 1.4.0:

• Fügt Statistiken, während sie werden nicht alle laufen am Ende
• Speichert eindeutige ID für Gene als uid

Was ist neu in Version 1.2.7:

• Fixes README

Was ist neu in Version 1.2.6:

• Subtraktion filtert nicht zugeordnete beim Bau abgebildet liest

Was ist neu in der Version 1.2:

• Dienstprogramm zum fastq-Dateien erstellen von nicht zugeordneten liest
• Dienstprogramm zum Schnittpunkt der fastq Dateien zurück
• Dienstprogramm zum Filter fastq Dateien zurück
• hinzugekommen mapq Schwelle Flagge Subtraktion
• Gbloader können nun Bakterien und Pilzgenomen laden
• Speichert Genomsequenzen zur Datenbank mit GridFS
• Reduzierte Speicherbedarf bei der Berechnung der Statistik
• verwenden Teilprozesse statt os.system
• mapq Partituren Filter muss 0
schließen

Was ist neu in der Version 1.1:

• Fügt Unterstützung für Paar-End liest

Was ist neu in Version 1.0.1:

• Unterstützung für MongoDB Authentifizierung

Anforderungen :

• Python