Der Bootmanager BootStar verwaltet intern (unsichtbar für andere Programme / Betriebssysteme) eine zweite Partitionstabelle mit bis zu 15 Einträgen. Diese Tabelle wird "BootStar-Partitionstabelle" genannt. Während des Bootvorgangs werden bis zu vier Einträge vom Bootmanager BootStar mit Hilfe der Bootprofile kopiert. Diese Einträge werden von der internen BootStar-Partitionstabelle in die Master-Boot-Record-Partitionstabelle kopiert.
Der Bootmanager befindet sich auf der Festplatte am Ende des ersten Zylinders ("Spur 0"). Dieser Speicherort wird von einigen Festplatten und Bootmanagern verwendet. Daher ist die Kapazität Ihrer Festplatte nicht durch den Bootmanager BootStar begrenzt. Die Sichtbarkeit der Partitionen kann mit den Bootprofilen "eingeschaltet" werden. Diese können individuell mit Passwörtern geschützt werden, so dass niemand ohne das richtige Passwort auf Ihre Daten zugreifen kann. Darüber hinaus ist es auch möglich, Bootprofile auszublenden, so dass diese erst angeboten werden, nachdem eine bestimmte Tastenkombination verwendet wurde. So kann eine nicht autorisierte Person nicht einmal erkennen, ob noch weitere Bootprofile (Partitionen) existieren.
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