Biopython

Entwickelt ein internationales Team von Entwicklern ist es eine verteilte gemeinsame Anstrengung, um Python-Bibliotheken und Anwendungen, die die Bedürfnisse der gegenwärtigen und künftigen Arbeiten in der Bioinformatik ausarbeiten.

Was ist neu in diese Version:.

• Bio.Phylo nun Baum Bau und Konsens-Module, von auf der GSoC Arbeit Yanbo Ye
• Bio.Entrez wird nun automatisch heruntergeladen und zwischengespeichert werden neue NCBI DTD-Dateien für XML-Parsing im Ausgangsverzeichnis des Benutzers (mit ~ / .biopython auf Unix-ähnlichen Systemen, und $ APPDATA / biopython unter Windows).
• Bio.Sequencing.Applications enthält nun einen Wrapper für die samtools Kommandozeilen-Tool.
• Bio.PopGen.SimCoal unterstützt nun auch fastsimcoal.
• SearchIO hmmer3-Text hmmer3-Registerkarte und hmmer3-domtab unterstützen jetzt Ausgabe hmmer3.1b1.
• BioSQL können nun (für Python 2, 3 und PyPy verfügbar) verwenden Sie den mysql-connector-Paket als Alternative zu MySQLdb (Python 2 nur) zu einer MySQL-Datenbank zu verbinden.

Was ist neu in Version 1.63:

• Nun nutzt die Python 3 Stil eingebauten nächste Funktion in Ort des Python 2 Stil Iteratoren '.next () -Methode.
• Die aktuelle Version entfernt die Anforderung des 2to3-Bibliothek.

Was ist neu in der Version 1.62:.

• Erste Veröffentlichung biopython die offiziell unterstützt Python 3

Was ist neu in Version 1.60:

• Neues Modul Bio.bgzf unterstützt das Lesen und Schreiben von Dateien BGZF ( Blockierte GNU Zip Format), eine Variante des GZIP mit effizienten Direktzugriff, am häufigsten im Rahmen der BAM-Dateiformat und in tabix verwendet.
• Die GenBank / EMBL-Parser wird nun eine Warnung an nicht erkannten Merkmalsstellen und weiter Parsen (Abfahrt Lage des Features wie None).
• Die Bio.PDB.MMCIFParser ist nun standardmäßig kompiliert (aber immer noch nicht unter Jython, PyPy oder Python 3).

Was ist neu in Version 1.59:

• Neues Modul Bio.TogoWS bietet ein Wrapper für die TogoWS REST API.
• Die NCBI Entrez Fetch-Funktion Bio.Entrez.efetch wurde aktualisiert, um die NCBI strengere Handhabung von mehreren ID Argumente EFetch 2.0 zu behandeln.

Was ist neu in Version 1.58:

• Eine neue Schnittstelle und Parser für die PAML (phylogenetische Analyse von Maximum Likelihood) Paket von Programmen, die Unterstützung codeml, baseml und yn00 sowie ein Python Neuimplementierung chi2 wurde als Bio.Phylo.PAML Modul hinzugefügt.
• Bio.SeqIO enthält jetzt lesen Unterstützung für ABI-Dateien (& quot; Sanger & quot; Kapillar-Sequenzierung Trace-Dateien enthalten, genannt Sequenz mit PHRED Qualitäten)
.
• Die Bio.AlignIO & quot; fasta-m10 & quot; Parser wurde aktualisiert, um mit den Markierungslinien zu bewältigen als in Bill Pearson FASTA Version 3.36 verwendet.

Was ist neu in Version 1.57:.

• biopython kann nun mit pip installiert werden

Was ist neu in Version 1.56:

• Die Bio.SeqIO Modul wurde aktualisiert und unterstützt Protein EMBL Dateien (für die Patentdatenbank eingesetzt), IMGT Dateien (eine Variante des EMBL-Datei-Format, mit der Hilfe von Uri Laserson) und UniProt XML-Dateien.

Was ist neu in Version 1.55:

• Eine Menge Arbeit hat zu Python 3 Support per gewesen ( das 2to3-Skript), aber wenn wir etwas nicht, sollten Sie nicht bemerkt, keine Änderungen.
• In Bezug auf die neuen Features ist das auffälligste Highlight, dass die Kommandozeilen-Tool Anwendung Wrapper-Klassen sind nun Dateien, was es viel einfacher, um externe Tools nennen sollte.

Anforderungen :

• Python 2.6 oder höher