Basic Local Alignment Search Tool

Basic Local Alignment Search Tool ist in kurzer BLAST ist ein Satz von Ähnlichkeitssuche Programme zur Erkundung der verfügbaren Sequenzdatenbanken unabhängig davon, ob die Abfrage Protein oder DNA.
Es verwendet einen heuristischen Algorithmus, welcher lokal sucht im Gegensatz zu globalen Achsen und ist daher in der Lage zu erkennen, die Beziehungen zwischen Sequenzen, die nur isolierte Regionen der Ähnlichkeit teilen.
Es kann vor Ort eine vollständige ausführbare Datei ausgeführt werden und kann verwendet werden, um BLAST-Suchen gegen private, lokale Datenbanken ausgeführt werden, oder heruntergeladen Kopien der NCBI-Datenbanken. Es läuft auf Mac OS, Win32, Linux, Solaris, IBM AIX, SGI, Compaq OSF und HP-UX-Systeme

Was ist neu in dieser Pressemitteilung:.

• Verbesserungen:
• Verbesserte Dokumentation enthält vereinfachte Setup-Anleitungen finden Sie unter http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762
• Unterstützung für Hard-Maskierung von BLAST-Datenbanken.
• Verbessern der Leistung von makeblastdb für FASTA-Eingang mit einer großen Anzahl von Sequenzen, die Verbesserung der Fehlerprüfung.
• Lassen Beste Hit Optionen und XML-Formatierung für Blast2Sequences Modus
• Erlaube mehrere Abfrage-Sequenzen für psiblast.
• Lassen Angabe solcher multiples Sequenz-Alignment-Sequenz als Master mit dem -in_msa psiblast Argument.
• Mit dem optionalen -input_type Argument makeblastdb.
• Unterstützung für Abfrage und unterliegen Länge tabellarische Ausgabe.
• Performance -seqidlist Argument verbessert.
• Das Minimum der Anzahl von Beschreibungen und Ausrichtungen wird jetzt tabellarisch und XML-Ausgabe (mit dem Verhalten der älteren blastall Anwendungen) verwendet.
• Fehlerbehebungen:
• Makeblastdb und blastdbcmd Probleme bei Parsen, Speichern und Abrufen von Sequenzkennzahlen.
• Fehlende Gegenstand Kennungen tabellarisch ausgegeben werden.
• Blast_formatter ignorieren -num_alignments und -num_descriptions
• Explosion Archivformat nicht richtig mit mehreren Abfragen gespeichert werden könnten.
• Blast_formatter etabliert einen nicht benötigten Netzwerkverbindung.
• Blast_formatter nicht gespeichert korrekt Maskierungsinformationen.
• Rpstblastn könnte abstürzen, wenn die Suche vielen Sequenzen.
• Indizierte megablast nicht in Multi-Thread-Modus ausgeführt werden.
• Abfrage-Titel in der durch psiblast gespeichert PSSM nicht gespeichert werden.
• Mögliche Nicht in Multi-Thread-Modus mit mehreren Abfragen oder große Datenbanksequenzen ausgeführt werden.
• TBLASTN läuft mit Datenbank Maskierung könnte Spiele verpassen.
• abgeschnitten Ausgang für Folge-Eingang mit zusätzlichen Leerzeichen in der Defline
• Problem MacOSX Binärdateien auf MacOSX 10.5

Was ist neu in Version 2.2.24:

• stellt BLAST-Archiv-Format zu Umformatierung Stand erlauben Allein BLAST sucht mit dem blast_formatter.
• Es bietet Unterstützung für übersetzte Thema weichen Maskierung in den BLAST-Datenbanken.
• Es bietet Unterstützung für den BLAST-Trace-Back-Operationen (BTOP) Ausgabeformat.
• Sie fügt hinzu, Kommandozeilenoptionen, um für die Aufnahme zur Verfügung BLAST Datenbanken blastdbcmd.
• Verbesserte Leistung der Formatierung der Fern BLAST-Suchen. Verwendet eine konsequente Exit-Code für out of memory Bedingungen.
• Ein Fix für einen Bug in indizierten megablast mit mehreren durch Leerzeichen getrennte BLAST-Datenbanken.

Was ist neu in Version 2.2.19:

• Die Umgebungsvariable BLASTDB Jetzt unterstützt mehrere Datenbanksuchpfade . Wenn möglich, wird eine geringere Protein Lookup-Tabelle verwendet werden, um die Leistung zu verbessern.
• formatrpsdb unterstützt nun das Erstellen von Datenbanken größer als 2G.
• seedtop unterstützt jetzt sucht mit gi Listen.
• Der Wert für X3 blastn / megablast wurde korrigiert.