FlexS

FlexS prognostiziert die Konformation und Orientierung einer der Liganden gegenüber dem anderen. In FlexS die Referenz Ligand starr angenommen, so sollte es in einer Konformation, die ähnlich der gebundenen Zustand ist gegeben. Die Überlagerung Algorithmus in FlexS benötigt nur wenig manuelle Eingriffe. Sie können dieses Wissen in die Berechnungen mit FlexS integrieren, indem man Einzelschritte manuell. Somit wird FlexS für interaktive Arbeit an Liganden-Paare und für Liganden-basierte virtuelle Screening gestaltet. Die beiden Hauptanwendungen von FlexS sind Ligand Superpositionierung (zB. Für CoMFA / QSAR) und virtuelles Screening. Wenn Sie ein Protein und ein kleines Molekül die Bindung an das (sogenannte Referenzliganden), aber keine Struktur des Proteins haben, kann die Referenzstruktur als Negativ Fingerabdruck der aktiven Stelle zu nehmen. FlexS bestimmt die Ähnlichkeit zwischen der Test und der Referenzstruktur durch Ausrichten ihnen. In das virtuelle Screening, müssen Sie einen Verweis-Liganden und eine Reihe von Verbindungen und interessieren sich für die Priorisierung der Verbindungen für die experimentelle Prüfung sind.