QuasiRecomb

QuasiRecomb ist eine leichte Anwendung, die in der Befehlskonsole ausgeführt wird, die Simulation einer Markov-Modell zur Erzeugung von viralen Quasi-Spezies. Sie beschreibt die Erzeugung der viralen Quasi-Spezies, und ein Verfahren zu dessen Parameter durch Analysieren Sequenzierungsdaten der nächsten Generation schließen. Das Modell beruht auf simulierten Daten validiert und zeigt den Vorteil der ausdrücklich unter die Rekombination in Betracht, und indem auf Lesevorgänge aus experimentelle HIV-Proben erhalten wurden getestet. Es bietet eine Implementierung der EM-Algorithmus, um eine maximale a posteriori Schätzung der Modellparameter und ein Verfahren, um die Verteilung von Virusstämmen in den Quasispezies schätzen zu finden

Anforderungen .

Java