BioJava

Sie bietet analytische und statistische Routinen Parser für gängige Dateiformate und ermöglicht die Manipulation von Sequenzen und 3D-Strukturen.

BioJava ist ein Werkzeug für Java Möglichkeiten in der Bioinformatik Welt erkunden

Was ist neu in dieser Pressemitteilung:.

• Die konsequente Fehlerprotokollierung. SLF4J wird für die Protokollierung verwendet und bietet Adapter für alle gängigen Protokollimplementierungen.
• Verbesserte Behandlung von Ausnahmen.
• Entfernt veralteten Methoden.
• Erweiterte den BioJava Tutorial.
• Aktualisiert Abhängigkeiten, wo anwendbar.
• Auf Maven Central.

Was ist neu in der Version 4.0.0:

• Die konsequente Fehlerprotokollierung. SLF4J wird für die Protokollierung verwendet und bietet Adapter für alle gängigen Protokollimplementierungen.
• Verbesserte Behandlung von Ausnahmen.
• Entfernt veralteten Methoden.
• Erweiterte den BioJava Tutorial.
• Aktualisiert Abhängigkeiten, wo anwendbar.
• Auf Maven Central.

Was ist neu in der Version 3.1.0:

• Neue Features:
• CE-CP Version 1.4 mit zusätzlichen Parametern
• Update auf SCOPE 2.04
• Verbesserungen in fastq Parsen
• Fix Fehler in PDB Parsen
• Kleinere Korrekturen in der Struktur Ausrichtungen

Was ist neu in der Version 3.0.8:

• New:
• Genbank Schriftsteller
• Parser für die Karyotyp-Datei von UCSC
• Parser für Gene Standorten von UCSC
• Parser für Gene Dateinamen aus genenames.org
• Modul für Cox-Regression-Code für die Überlebensanalyse
• Die Berechnung der zugänglichen Oberfläche (ASA)
• Modul zum Parsen von .OBO Dateien (Ontologien)
• Verbessert:
• Vertretung SCOP und Berkeley-SCOP Klassifikationen

Was ist neu in der Version 3.0.7:

• Es wurde ein Grund GenBank Parser
.
• Es wurde ein Problem bei der Übersetzung von Codons mit N.
• Jetzt können Anleihen in Proteinstrukturen zu schließen.
• Unterstützung hinzugefügt, um mmcif Aufzeichnungen für Organismus und Expressionssystem zu analysieren.
• Viele kleine Verbesserungen und Bugfixes.

Was ist neu in Version 3.0.6:

• Entwicklung zog nach GitHub auf: https: // github.com/biojava/biojava

Was ist neu in der Version 3.0.5:.

• New Parser für CATH Klassifizierung
• New Parser für Stockholm-Dateiformat.
• Deutlich verbesserte Darstellung der biologischen Baugruppen von Proteinstrukturen. Jetzt neu erstellen können biologische Anordnung von asymmetrischen Einheit.
• Mehrere Bugfixes.

Was ist neu in der Version 3.0.4:

• Das ist in erster Linie ein Bugfix-Release mit Fragen in die Proteinstruktur und Unordnung Module.
• Eine neue Funktion:. SCOP Daten können nun entweder von der ursprünglichen SCOP Website in Großbritannien oder der Berkeley-Version aufgerufen werden

Was ist neu in der Version 3.0.3:

• Signifikante Verbesserungen an den Web-Service-Modul (NCBI Blast und hmmer Web Services).
• & quot; Neu & quot; fastq Parser (aus der Serie BioJava 1 bis Version 3 portiert).
• Unterstützung für die siebt-PDB zu UniProt Mapping.
• Protmod Modul modfinder umbenannt.

Was ist neu in der Version 3.0.2:

• Protein-Struktur: Verbesserte Handhabung von Proteindomänen: Unterstützt jetzt SCOP. Neue Funktionen für die automatisierte Vorhersage von Proteindomänen, bezogen auf Protein Domain Parser.
• Kleinere Verbesserungen und Fehlerbehebungen in verschiedenen anderen Modulen.
• biojava3-aa-prop: Dieses neue Modul erlaubt die Berechnung der physikalisch chemischen und anderen Eigenschaften von Proteinsequenzen
.
• biojava3-Protein-Störung: Ein neues Modul für die Vorhersage von ungeordneten Bereiche in den Proteinen. Es basiert auf einer Java-Implementierung der RONN Prädiktor.

Was ist neu in Version 3.0.1:

• Die Release 3.0.1 ist hauptsächlich ein Bug-Fix Release für die letzten 3.0 veröffentlicht, die eine komplette Neufassung der BioJava Code-Basis zur Verfügung gestellt.

Anforderungen :

• Java 1.6 oder höher