Swiss-PdbViewer (aka Deepview) ist eine Anwendung, die eine benutzerfreundliche Schnittstelle, um mehrere Proteine gleichzeitig analysieren bietet. Die Proteine können, um strukturelle Ausrichtungen ableiten und vergleichen ihre aktiven Zentren oder anderen relevanten Teile überlagert werden. Aminosäuremutationen, H-Brücken, Winkel und Abstände zwischen den Atomen lassen sich leicht durch die intuitive grafische und Menüoberfläche zu erhalten.
Swiss-PdbViewer (aka Deepview) ist seit 1994 von Nicolas Guex entwickelt worden. Swiss-PdbViewer ist eng mit SWISS-MODEL, einem automatisierten Homologie-Modellierung Server innerhalb des Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) an der Struktur Bioinformatik-Gruppe am Biozentrum in Basel entwickelt verbunden.
Die Arbeit mit diesen beiden Programmen die Menge an Arbeit erforderlich, Modelle zu erzeugen, wie es möglich ist, ein Protein Primärsequenz auf ein 3D-Vorlage fädeln und erhalten Sie sofort eine Rückmeldung, wie gut das Gewinde Protein wird stark reduziert von der Referenzstruktur, bevor sie einen Antrag auf fehlende Schleifen zu bauen und zu verfeinern, Sidechain-Verpackung akzeptiert.
Swiss-PdbViewer können Elektronendichtekarten zu lesen und bietet verschiedene Werkzeuge, um in der Dichte zu bauen. Darüber hinaus sind verschiedene Modellierungswerkzeuge integriert und Befehlsdateien für gängige Energieminimierung Pakete erzeugt werden.
Und schließlich als Sonderbonus, POV-Ray-Szenen aus der aktuellen Ansicht um atemberaubende Raytracing-Bildqualität machen erzeugt werden.
Was ist neu , in dieser Pressemeldung:
- Die Thymin C6-Atom ist jetzt richtig geladen
- Der Fehler, der POV-Ray-Ausgang Endlosschleife auf der PC-Version
- Die gelegentlichen Abstürzen beim Speichern PDB-Dateien (wie 2i37) auf dem PC festgelegt wurde
- Aktualisiert die Adresse des Uppsala Elektronendichtekarte Server
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