Open Babel

Öffnen Babel ist ein Open Source, kollaborative, frei und Multiplattform-Bibliothek-Software, die entwickelt wurde, um als eine chemische Toolbox speziell entwickelt, um eine Vielzahl von Sprachen von chemischen Daten erkennen zu handeln. Er wird einfach überspielt & ldquo; Die Open Chemistry Toolkit & rdquo;. Features auf einen glanceWith Öffnen Babel, werden die Nutzer in der Lage, zu suchen, zu analysieren, zu konvertieren, und Speichern von Daten aus Chemie, molekulare Modellierung, Biochemie, sowie anderen verwandten Bereichen. Es unterstützt eine Vielzahl von gemeinsamen chemischen Dateiformate, darunter mol2, SDF / MOL, PDB, XYZ, SMILES, und CML.
Darüber hinaus bietet Openbabel Toolkit, chemische MIME-Unterstützung ein voll ausgestatteter Programmierer, SMARTS Matcher, flexible Atom / Anleihe typer, Wasserstoff Löschen und Hinzufügen, Bitvektor Klasse, Matrix und Vektor-Transformationen sowie molekularer Test suite.Under die Motorhaube und unterstützten Betriebs systemsOpen Babel vollständig in der Programmiersprache C ++ geschrieben. Es & rsquo; sa plattformübergreifende Software, die GNU / Linux, BSD, Solaris, SGI, Microsoft Windows und Mac OS X-Betriebssystemen unterstützt. Sowohl 32-Bit- und 64-Bit-Rechner werden offiziell auf der Zeit des Schreibens this.Getting begann mit Open BabelFirst aller unterstützten, empfehlen wir Ihnen dringend, Öffnen Babel, indem Sie die vorgefertigte Binärpakete von den Standard-Software-Repositories der Installation Ihrer Linux-Distribution. Wenn Ihr GNU / Linux System doesn & rsquo; t haben die Open-Babel-Software in seiner Repos, dann sind Sie und rsquo; ll haben zu kompilieren und Installation der Anwendung mit der universellen Quellen Archiv auf Softoware vorgesehen.
Laden Sie den Tarball (tar.gz-Archiv), entpacken Sie es an einem Ort Ihrer Wahl, öffnen Sie ein Terminal-Emulator, navigieren Sie zu dem extrahierten Ordner und die & ldquo auszuführen;. Cmake & rdquo; Befehl (ohne Anführungszeichen) das Projekt, um zu konfigurieren. Sie müssen dann laufen die & ldquo; machen & rdquo; Befehl, ohne Anführungszeichen, natürlich, um es zu kompilieren. Bitte stellen Sie sicher, dass die CMake-Tool in Ihrem Betriebssystem vor den oben genannten Anweisungen installiert

Was ist neu in dieser Pressemitteilung:.

• Diese Mitteilung stellt einen wichtigen Bug-Fix-Release und sollte eine stabile Upgrade, stark für alle Benutzer von Open Babel empfohlen werden. Viele Fehler und Verbesserungen sind seit dem Release 2.3.0 im letzten Jahr hinzugefügt.

Was ist neu in Version 2.2.2:

• Diese Mitteilung stellt einen wichtigen Bugfix-Release und ist eine stabile Upgrade, stark für alle Benutzer von Open Babel empfohlen. Zwar gibt es nicht viele neue Features, viele Abstürze und andere Fehler werden seit 2.2.1 behoben.
• Verbesserte auf das neue Release 1.02 InChI standardisierte InChI und InChIKey Ausgabe zu erzeugen.
• Feste vielen Stereochemie Fehler beim Lesen / Schreiben SMILES. Dies ist Teil eines größeren Projekts, das in der Version 2.3 fertiggestellt sein wird.
• Feste Kompilierung und Installation auf Cygwin und MinGW Plattformen.
• Deutlich verbesserte Aromatizität und Kekule Bindung Zuordnung.
• Verbesserte 2D - & gt; 3D-Koordinaten Generation
• Verbesserte Koordinierung Generation mit dem --gen3d Befehlszeile-Operation
• Verbesserte Leistung für Koordinaten Generation.
• New --fillUC Befehlszeile-Operation für babel.
• Fixes, pH-Abhängigen Wasserstoffzugabe.
• Unterstützung für das Lesen Schwingungsdaten von Molden, Molpro und NWChem Ausgabedateien.
• Aktualisiert Atomradien aus den letzten theoretischen Berechnungen.
• Behoben: Fehler beim Lesen von gzip komprimiert mol2 oder XML-Dateien.
• Schließen von Dateien nach einem Fehler. Behebt einen Fehler mit dem Dateien Pybel würde offen bleiben.
• Viele weitere Bugfixes und kleine Funktionsverbesserungen. == == Neue Dateiformate Import & Export:
• Molpro Eingang und Ausgang.
• VASP Koordinatendateien (CONTCAR und POSCAR).

Was ist neu in Version 2.2.1:

• Verbesserte Scripting-Schnittstellen, einschließlich Python 3 Unterstützung und verbessert Java und C # unterstützen.
• Unterstützung für MACCS Fingerabdrücke. Dank der RDKit Projekt.
• Viele Fehlerbehebungen und Verbesserungen, um das Kraftfeld Code. Insbesondere sollten die UFF-Kraftfeld Umsetzung viel mehr Moleküle zu behandeln.
• Verbesserte 3D-Koordinaten-Generation, vor allem mit Ringfragmente. Sie können dies zu versuchen mit dem obgen Programm.
• Es wurde ein Vielzahl von PDB Importfehler mit Atomtypen.
• Unterstützung für das Lesen Kosten und Radien von PQR Dateiformate.
• Unterstützung für das Lesen und Schreiben Elementarzellen in PDB-Formate.
• New & quot; Ausgang & quot; Dateiformat für die Aufnahme generischen & quot; .out & rdquo ;, & quot; & quot ;, .log und & quot; .dat & quot; Dateien und das Lesen mit entsprechenden Dateityp auf Basis von Inhalten. Derzeit funktioniert sehr gut für die Quantenchemie-Pakete.
• Hinzugefügt verbesserte Fehlerbehandlung und Reporting bei nicht mehr Dateiformate laden.
• Verbesserte CIF Unterstützung von Dateiformaten.
• Viele, viele, viele weitere Bugfixes und kleine Verbesserungen.