DendroPy

Screenshot der Software:
DendroPy
Softwarebeschreibung:
Version: 4.0.2 Aktualisiert
Upload-Datum: 20 Jul 15
Lizenz: Frei
Popularität: 43

Rating: 2.0/5 (Total Votes: 2)

Es stellt Klassen und Funktionen für die Arbeit mit phylogenetischen Daten wie Bäume und Charakter Matrizen.
Es unterstützt auch das Lesen und Schreiben der Daten in einer Reihe von Standard phylogenetischen Datenformate, wie NEXUS, NeXML, Phylip, NEWICK, FASTA, etc ..
Darüber hinaus werden Skripte zur Durchführung einige nützliche phylogenetische Berechnungen als Teil der Bibliothek, wie SumTrees, die die Unterstützung für die Splits oder Subtypen von einem hinteren Probe phylogenetische Bäume gegeben fasst verteilt.
Es sind Dokumentation und Tutorial-Dateien im Download-Paket erweitert

Was ist neu in dieser Pressemitteilung:.

  • Neue Infrastruktur für Metadaten Anmerkungen:. AnnotationSet und Annotation
  • Volle Unterstützung von NeXML 0,9 Metadaten Parsen und Schreiben.
  • get_from_url () und read_from_url () Methoden nun zum Lesen der phylogenetischen Daten von URL zu ermöglichen.
  • Added GBIF Interoperabilität Modul (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
  • .

Was ist neu in der Version 3.12.2:

  • Neue Infrastruktur für Metadaten Anmerkungen: AnnotationSet und Annotation.
  • Volle Unterstützung von NeXML 0,9 Metadaten Parsen und Schreiben.
  • get_from_url () und read_from_url () Methoden nun zum Lesen der phylogenetischen Daten von URL zu ermöglichen.
  • Added GBIF Interoperabilität Modul (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;)
  • .

Was ist neu in der Version 3.11.0:

  • Neues Programm-Skript für Verkettung von Zweig Etiketten aus ganz Multiple Input Bäumen. sumlabels.py
  • New Interoperabilität Klasse dendropy.interop.seqgen.SeqGen:. Wrapper für Seq-Gen in die Bibliothek integriert
  • New Interoperabilität Funktion dendropy.interop.muscle.muscle_align ():. Wrapper für MUSCLE Ausrichtung
  • New Interoperabilität Klasse dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner:. Wrapper für RAxML
  • prune_taxa () -Methode CharacterMatrix aufgenommen.
  • Math Modulen bewegt, ihre eigenen Unterpaket:. dendropy.mathlib
  • Neues Modul für Matrix- und Vektorberechnungen:. dendropy.mathlib.linearalg
  • Neues Modul für die statistische Abstandsberechnung. dendropy.mathlib.distance
  • Familie der Mahalanobis-Distanz Berechnungsfunktionen in dendropy.mathlib.distance:. squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Mahalanobis, mahalanobis_1d

Was ist neu in der Version 3.9.0:

  • Neue Features:
  • Die phylogenetische unabhängige Kontraste (PIC) Analyse kann nun mit Hilfe der dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts Klasse durchgeführt werden.
  • Vereinfachte enthaltenen Koaleszenzmittel (Gen-Baum in Arten Baum) Simulation.
  • Änderungen:
  • Schlüsselwort Argumente as_string (), write_to_path (), write_to_file usw. Verfahren wurden optimiert, um konsistentere für NEXUS und Newick Formaten zu werden. Zurück Stichworte, werden weiterhin unterstützt, wird aber abgelehnt. Ref:: Die neue Reihe von Schlüsselwortargumente unterstützt werden, können in der zu sehen ist NEXUS und Newick Schreiben individuell gestaltet werden & # X3C; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # X3e; Abschnitt.
  • NEXUS und Newick Formate jetzt standardmäßig auf Taxon Etiketten unempfindliches Gehäuse; geben case_insensitive_taxon_labels = False für die Groß- und Kleinschreibung.
  • Bug Fixes:
  • Lesen verschachtelte Zeichen Matrizen nicht mehr zu dem folgenden Block übersprungen (NEXUS).
  • OverflowError bei der Berechnung der zusammenfassende Statistiken gefangen.

Was ist neu in der Version 3.8.0:

  • Baum Objekte können nun am Mittelpunkt rerooted werden (siehe Tree.reroot_at_midpoint ()).
  • Annotations (dh, Attribute der Baum, Knoten oder Edge-Objekte, die hatten & quot haben; mit Anmerkungen versehen () & quot; auf sie genannt wird) kann nun als Metadaten Kommentare geschrieben werden (& quot; [& field = value] & quot;) beim Schreiben von NEXUS / NEWICK-Format, wenn die Schlüsselwort-Argument annotations_as_comments verwendet wird.
  • Beim Lesen in NEXUS / NEWICK Format Bäume unter Angabe extract_comment_metadata = True wird in Metadaten Kommentare dazu führen, dass in Wörter gezogen wird, mit Tasten als Feldnamen und Werte als die Feldwerte.
  • Beim Lesen NEXUS Formatdaten, SETS Blöcken verarbeitet werden, und Zeichensätze in den betreffenden CharacterDataMatrix analysiert wird.
  • Zeichensätze (wie beispielsweise aus der NEXUS analysiert SETS Blöcke: siehe oben) können als neue CharacterDataMatrix Objekte exportiert und gespeichert werden / manipuliert / etc. independentally.
  • Beim Schreiben in NEXUS oder NEWICK Formate kann der write_item_comments Schlüsselwort-Argument (True oder False) steuern, ob erweitert Kommentare mit Knoten auf Bäumen zugeordnet geschrieben wird oder nicht.
  • TopologyCounter Klasse aufgenommen zu dendropy.treesum:. ermöglicht die Verfolgung der Topologie Frequenzen
  • treesplits.tree_from_splits () erlaubt Konstruieren von (Topologie-only) Bäume aus einer Reihe von Spaltungen.
  • Die meisten Funktionen, die zu "dendropy.treemanip 'werden verwendet, hat sich nun als native Methoden der dendropy.Tree Klasse migriert. 'Dendropy.treemanip' wird abgelehnt.
  • Bäume können nun beschnitten basieren auf einer Liste der Taxa Etiketten zu entfernen oder zu halten (früher würden die Methoden akzeptiert nur Listen von Taxon Objekte).

Was ist neu in der Version 3.7.1:

  • Neue Features:
  • Die Umsetzung des 'General Sampling-Ansatz "(Hartmann et al 2010:... Sampling Bäume aus Evolutionäre Modelle; Syst Biol 49, 465-476). Verfahren zum Simulieren von Bäumen von der Geburt-Tod-Modell
  • Änderungen:
  • Correct / konsistente Namen für einige Wahrscheinlichkeitsfunktionen.
  • Bug Fixes:
  • Bug bei der Bestätigung der Ausgabedatei zu überschreiben, wenn Sie SumTrees '-e' / '- Split-Ränder ". Option
  • Alte und grauen Halb versteinerten Verweis auf "taxa_block 'korrigiert' taxon_set '.

Was ist neu in der Version 3.7.0:.

  • , um BSD-artigen Lizenz migriert

Was ist neu in der Version 3.6.1:

  • SumTrees arbeitet jetzt (im seriellen Modus) unter älteren Python-Versionen (dh & # X3C; 2.6).
  • Fixes für die Kompatibilität mit Python 2.4.x.

Was ist neu in der Version 3.5.0:

  • Hinzugefügt ladderize () Methode, um Knoten in der Reihenfolge aufsteigend (Standard) oder absteigender (ladderize (rechts = True)) um.
  • Added & quot; Tier-summary-tree & quot; Schemaspezifikation zu BEAST kommentierten Konsens Bäume verarbeiten.
  • für die Interaktion mit NCBI-Datenbanken Hinzugefügt neue Modul:. dendropy.interop.ncbi

Was ist neu in Version 3.4:..

  • Gebündelte ez_setup.py auf die neueste Version aktualisiert

Anforderungen :

  • Python 2,4-3,0

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