BioRuby

BioRuby bietet eine integrierte Umgebung für Bioinformatik (Biologie Informationswissenschaft).
Objektorientierte Skriptsprache Ruby hat viele Funktionen für Bioinformatik Forschung, zum Beispiel klar, Syntax, um komplexe Objekte, reguläre Ausdrücke für Textbearbeitung so mächtig wie Perl & rsquo auszudrücken; s, eine Vielzahl von Bibliotheken, einschließlich Web-Service usw.
Wie der Ruby-Syntax ist einfach und sehr sauber, wir glauben, dass es für Anfänger leicht zu erlernen, einfach zu verwenden für Biologen, aber auch leistungsfähig genug für den Software-Entwicklern.
In BioRuby kann der Entwickler biologischen Datenbankeinträge aus flachen Dateien, Internet-Web-Servern und lokalen relationalen Datenbanken abrufen.
Diese Datenbankeinträge können analysiert werden, um Informationen, die Sie extrahieren. Biologische Sequenzen können mit den fulfilling Methoden der Ruby & rsquo behandelt werden; s String-Klasse und mit regulären Ausdrücken.
Die Bibliothek kann mit Werkzeugen wie Blast Fasta, Hmmer und viele andere Software-Pakete für die biologische Analyse integriert werden.
 BioRuby unterstützt alle wichtigen biologischen Datenbankformate und bietet viele Möglichkeiten für den Zugriff auf sie durch Flatfile Indexierung, SQL, Web Services usw. Verschiedene Web-Services einschließlich KEGG-API kann leicht durch BioRuby genutzt werden.

Eigenschaften :

• BioRuby Shell
• API
• Dokumentation

Anforderungen :

• Rubin 1.8.7 oder höher