BioJava

Screenshot der Software:
BioJava
Softwarebeschreibung:
Version: 4.1.0 Aktualisiert
Upload-Datum: 10 Dec 15
Lizenz: Frei
Popularität: 172

Rating: 1.0/5 (Total Votes: 1)

Sie bietet analytische und statistische Routinen Parser für gängige Dateiformate und ermöglicht die Manipulation von Sequenzen und 3D-Strukturen.

BioJava ist ein Werkzeug für Java Möglichkeiten in der Bioinformatik Welt erkunden

Was ist neu in dieser Pressemitteilung:.

  • Die konsequente Fehlerprotokollierung. SLF4J wird für die Protokollierung verwendet und bietet Adapter für alle gängigen Protokollimplementierungen.
  • Verbesserte Behandlung von Ausnahmen.
  • Entfernt veralteten Methoden.
  • Erweiterte den BioJava Tutorial.
  • Aktualisiert Abhängigkeiten, wo anwendbar.
  • Auf Maven Central.

Was ist neu in der Version 4.0.0:

  • Die konsequente Fehlerprotokollierung. SLF4J wird für die Protokollierung verwendet und bietet Adapter für alle gängigen Protokollimplementierungen.
  • Verbesserte Behandlung von Ausnahmen.
  • Entfernt veralteten Methoden.
  • Erweiterte den BioJava Tutorial.
  • Aktualisiert Abhängigkeiten, wo anwendbar.
  • Auf Maven Central.

Was ist neu in der Version 3.1.0:

  • Neue Features:
  • CE-CP Version 1.4 mit zusätzlichen Parametern
  • Update auf SCOPE 2.04
  • Verbesserungen in fastq Parsen
  • Fix Fehler in PDB Parsen
  • Kleinere Korrekturen in der Struktur Ausrichtungen

Was ist neu in der Version 3.0.8:

  • New:
  • Genbank Schriftsteller
  • Parser für die Karyotyp-Datei von UCSC
  • Parser für Gene Standorten von UCSC
  • Parser für Gene Dateinamen aus genenames.org
  • Modul für Cox-Regression-Code für die Überlebensanalyse
  • Die Berechnung der zugänglichen Oberfläche (ASA)
  • Modul zum Parsen von .OBO Dateien (Ontologien)
  • Verbessert:
  • Vertretung SCOP und Berkeley-SCOP Klassifikationen

Was ist neu in der Version 3.0.7:

  • Es wurde ein Grund GenBank Parser
  • .
  • Es wurde ein Problem bei der Übersetzung von Codons mit N.
  • Jetzt können Anleihen in Proteinstrukturen zu schließen.
  • Unterstützung hinzugefügt, um mmcif Aufzeichnungen für Organismus und Expressionssystem zu analysieren.
  • Viele kleine Verbesserungen und Bugfixes.

Was ist neu in Version 3.0.6:

  • Entwicklung zog nach GitHub auf: https: // github.com/biojava/biojava

Was ist neu in der Version 3.0.5:.

  • New Parser für CATH Klassifizierung
  • New Parser für Stockholm-Dateiformat.
  • Deutlich verbesserte Darstellung der biologischen Baugruppen von Proteinstrukturen. Jetzt neu erstellen können biologische Anordnung von asymmetrischen Einheit.
  • Mehrere Bugfixes.

Was ist neu in der Version 3.0.4:

  • Das ist in erster Linie ein Bugfix-Release mit Fragen in die Proteinstruktur und Unordnung Module.
  • Eine neue Funktion:. SCOP Daten können nun entweder von der ursprünglichen SCOP Website in Großbritannien oder der Berkeley-Version aufgerufen werden

Was ist neu in der Version 3.0.3:

  • Signifikante Verbesserungen an den Web-Service-Modul (NCBI Blast und hmmer Web Services).
  • & quot; Neu & quot; fastq Parser (aus der Serie BioJava 1 bis Version 3 portiert).
  • Unterstützung für die siebt-PDB zu UniProt Mapping.
  • Protmod Modul modfinder umbenannt.

Was ist neu in der Version 3.0.2:

  • Protein-Struktur: Verbesserte Handhabung von Proteindomänen: Unterstützt jetzt SCOP. Neue Funktionen für die automatisierte Vorhersage von Proteindomänen, bezogen auf Protein Domain Parser.
  • Kleinere Verbesserungen und Fehlerbehebungen in verschiedenen anderen Modulen.
  • biojava3-aa-prop: Dieses neue Modul erlaubt die Berechnung der physikalisch chemischen und anderen Eigenschaften von Proteinsequenzen
  • .
  • biojava3-Protein-Störung: Ein neues Modul für die Vorhersage von ungeordneten Bereiche in den Proteinen. Es basiert auf einer Java-Implementierung der RONN Prädiktor.

Was ist neu in Version 3.0.1:

  • Die Release 3.0.1 ist hauptsächlich ein Bug-Fix Release für die letzten 3.0 veröffentlicht, die eine komplette Neufassung der BioJava Code-Basis zur Verfügung gestellt.

Anforderungen :

  • Java 1.6 oder höher

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