Jmol

Jmol ist eine quelloffene, plattformübergreifende und kostenlose Grafiksoftware, die ursprünglich als molekularer Viewer für chemische 3D-Strukturen konzipiert wurde. Es läuft in vier eigenständigen Modi, als HTML5-Webanwendung, als Java-Programm, als Java-Applet und als "kopflose" serverseitige Komponente.

Zu den wichtigsten Funktionen gehören leistungsstarke 3D-Rendering-Unterstützung ohne High-End-Hardware, Export von Dateien in JPG-, PNG-, GIF-, PDF-, WRL-, OBJ- und POV-Ray-Formate, Unterstützung grundlegender Zelleneinheiten, Unterstützung von RasMol und Chime Skriptsprachen sowie die JavaScript-Bibliothek.

Darüber hinaus unterstützt die Software Animationen, Oberflächen, Schwingungen, Orbitale, Messungen, Symmetrie- und Elementarzellenoperationen sowie schematische Formen.

Gegenwärtig unterstützt die Anwendung eine breite Palette von Dateiformaten, von denen wir MOL MDL, V3000 MDL, SDF MDL, CTFile MDL, CIF, MMCIF, CML, PDB, XYZ, XYZ + vib, XYZ-FAH, MOL2, CSF, GAMESS, Gauß, MM1GP, HIN HIN / HIV, MOLPRO und MOPAC.

Zusätzlich werden auch die CASTEP-, FHI-, VASP-, ADF-, XSD-, AGL-, DFT-, AMPAC-, WebMO-, PSI3-, CRYSTAL-, MGF-, NWCHEM-, ODYDATA-, XODYDATA-, QOUT-, SHELX-, SMOL-, GRO-, PQR- und JME-Funktionen unterstützt .

Unterstützt alle gängigen Webbrowser

Die Software wurde erfolgreich mit allen gängigen Webbrowsern getestet, darunter Mozilla Firefox, Google Chrome, Internet Explorer, Opera und Safari. Die oben genannten Browser-Apps wurden auf allen Mainstream-Betriebssystemen getestet (siehe den nächsten Abschnitt zur Unterstützung von Betriebssystemen).

Jmol ist in der Programmiersprache Java geschrieben und eine plattformunabhängige Anwendung, die alle GNU / Linux-Distributionen, die Betriebssysteme Microsoft Windows und Mac OS X sowie jedes andere Betriebssystem unterstützt, auf dem Java Runtime Environment installiert ist / p>

Was ist neu in dieser Version:

• Bugfix: Jmol SMILES erlaubt keine Einfügesuchsuche - fügt & quot; ^ & quot; für den Einfügecode: [G # 129 ^ A. *]

Was ist neu in der Version:

• Bugfix: Jmol SMILES erlaubt keine Einfügesuchsuche - - fügt & quot; ^ & quot; für den Einfügecode: [G # 129 ^ A. *]

Was ist neu in Version 14.20.3:

• Fehlerbehebung: Jmol SMILES lässt keine Einfügung zu Codesuche - fügt & quot; ^ & quot; für den Einfügecode: [G # 129 ^ A. *]

Was ist neu in Version 14.6.5:

• Bugfix: Jmol SMILES erlaubt keine Einfügesuchsuche - fügt & quot; ^ & quot; für den Einfügecode: [G # 129 ^ A. *]

Was ist neu in Version 14.6.1:

• Fehlerbehebung: Jmol SMILES lässt keine Einfügung zu - Codesuche - fügt & quot; ^ & quot; für den Einfügecode: [G # 129 ^ A. *]

Was ist neu in Version 14.4.4 Build 2016.04.22:

• Bugfix: Annotations-Atomsets nicht angepasst für zugesetzte Wasserstoffe
• Bugfix: 14.3.3_2014.08.02 brach mmCIF-Reader
• bug fix: BinaryDocument (Spartan-Datei) lesen in 14.1.12_2014.03.18
gebrochen

Was ist neu in Version 14.4.4 Build 2016.04.14:

• Bugfix: Annotations-Atomsets nicht angepasst für zugesetzte Wasserstoffe
• Bugfix: 14.3.3_2014.08.02 brach mmCIF-Reader
• bug fix: BinaryDocument (Spartan-Datei) lesen in 14.1.12_2014.03.18
gebrochen

Was ist neu in Version 14.4.4 Build 2016.03.31:

• Bugfix: Annotations-Atomsets nicht angepasst für zugesetzte Wasserstoffe
• Bugfix: 14.3.3_2014.08.02 brach mmCIF-Reader
• bug fix: BinaryDocument (Spartan-Datei) lesen in 14.1.12_2014.03.18
gebrochen

Was ist neu in Version 14.4.3 Build 2016.03.02:

• Bugfix: Annotations-Atomsets nicht angepasst für zusätzliche Wasserstoffe
• Bugfix: 14.3.3_2014.08.02 brach mmCIF-Reader
• bug fix: BinaryDocument (Spartan-Datei) lesen in 14.1.12_2014.03.18
gebrochen

Was ist neu in Version 14.4.3 Build 2016.02.28:

• Bugfix: Annotations-Atomsets nicht angepasst für zugesetzte Wasserstoffe
• Bugfix: 14.3.3_2014.08.02 brach mmCIF-Reader
• bug fix: BinaryDocument (Spartan-Datei) lesen in 14.1.12_2014.03.18
gebrochen

Was ist neu in Version 14.4.2 Build 2016.02.05:

• Bugfix: Annotations-Atomsets nicht angepasst für zugesetzte Wasserstoffe
• Bugfix: 14.3.3_2014.08.02 brach mmCIF-Reader
• bug fix: BinaryDocument (Spartan-Datei) lesen in 14.1.12_2014.03.18
gebrochen

Was ist neu in Version 14.4.0 Build 2015.12.02:

• Bugfix: Annotations-Atomsets nicht angepasst für zugesetzte Wasserstoffe
• Bugfix: 14.3.3_2014.08.02 brach mmCIF-Reader
• bug fix: BinaryDocument (Spartan-Datei) lesen in 14.1.12_2014.03.18
gebrochen

Was ist neu in Version 14.2.15:

• Bugfix: Annotationsatom-Sets sind nicht auf hinzugefügte Wasserstoffe eingestellt
• Bugfix: 14.3.3_2014.08.02 brach mmCIF-Reader
• bug fix: BinaryDocument (Spartan-Datei) lesen in 14.1.12_2014.03.18
gebrochen

Was ist neu in Version 14.2.13:

• Bugfix: Anmerkungs-Atomsätze nicht angepasst für hinzugefügt Wasserstoff
• Bugfix: 14.3.3_2014.08.02 brach mmCIF-Reader
• bug fix: BinaryDocument (Spartan-Datei) lesen in 14.1.12_2014.03.18
gebrochen

Was ist neu in Version 14.2.12:

• Bugfix: Annotations-Atomsets nicht angepasst für hinzugefügt Wasserstoff
• Bugfix: 14.3.3_2014.08.02 brach mmCIF-Reader
• bug fix: BinaryDocument (Spartan-Datei) lesen in 14.1.12_2014.03.18
gebrochen

Was ist neu in Version 14.1.8 Beta:

• neues Feature - set cartoonRibose:
• zieht Ribose-Ringe ein, mit Facetten, die Kräuselung zeigen
• verbindet sich über C4'-C5'-O5'-P explizit
• zeigt C3'-O3 'als Referenz.
• deaktiviert cartoonBaseEdges (Leontis-Westhof Kanten)
• wurde von SET cartoonBaseEdges ON deaktiviert
• vorgeschlagen von Rick Spinney, Ohio State
• neues Feature: anim frame [a, b, c, d] arbeitet mit negativen Zahlen, um Bereiche anzugeben:
• Anim-Frame [1, -5, 10, -6] - & gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
• lesen Sie als "1 bis 5 und dann 10 bis 6"
• neues Feature: Tinker File Reader (und FoldingXYZ Reader Upgrade):
• Kann Tinker :: verwenden, aber dies ist nur erforderlich, wenn die erste Zeile NUR ein atomCount
ist
• enthält ein älteres Tinker-Format mit n-1-Atomen für atomCount
• ermöglicht Trajektorien und die gewünschte Modellnummer
• neues Feature: (eigentlich 13.1 aber nicht dokumentiert) Animationsframe [51 50 49 48 47 46 45 (etc) 27 1 2 3 4 5 6 7 (etc) ....]
• neues Feature: x = compare ({atomset1}, {atomset2}, "MAP")
• neues Merkmal: x = vergleichen ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "alle")
• neues Merkmal: x = vergleichen ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "am besten")
• neues Merkmal: x = vergleichen ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "H")
• neues Merkmal: x = vergleichen ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "allH")
• neues Merkmal - x = vergleichen ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "bestH"):
• generiert eine oder mehrere Korrelationslisten basierend auf nicht-aromatischen SMILES
• enthält optional H-Atome
• erzeugt optional alle möglichen atomaren Zuordnungen
• gibt int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
zurück
• wobei an und bn ganzzahlige Atomindizes sind oder wenn "alle" aufgelistet sind; Option ist gewählt.

Im Folgenden wird eine Atomkorrelationskarte für zwei Strukturen einschließlich Wasserstoffatomen erzeugt: Ladedateien "a.mol" "b.mol" x = vergleiche ({1.1} {2.1} "MAP" "H")
• Im Folgenden wird das Modell von Koffein von NCI mit dem von PubChem verglichen:
• Laden $ Koffein; laden append: Koffein; Rahmen *
• Wählen Sie 2.1; label% [atomIndex]
• vergleiche {1.1} {2.1} SMILES rotiere translate
• x = vergleiche ({1.1}, {2.1}, "MAP" "bestH")
• für (a in x) {a1 = a [1]; a2 = a [2]; wählen Sie atomindex = a1; label @ a2}
• neues Feature: vergleiche {model1} {model2} SMILES:
• keine Notwendigkeit, SMILES zu geben; Jmol kann es von {model1}
generieren
• neues Merkmal: x = {*}. find ("SMILES", "H"):
• erzeugt SMILES mit expliziten H-Atomen
• Bugfix: Substructure () -Funktion mit SMILES anstelle von SMARTS, also nur vollständige Strukturen;
• Bugfix: bessere Fehlerbehandlung und Nachrichten in SMILES-verwandten Methoden
• Bugfix: Machen Sie webexport Entdeckung des Pfades zu Jmol.jar und jsmol.zip robuster.
• Bugfix: getProperty extractModel nicht Teilmenge
• bug fix: set pdbGetHeader TRUE erfasst nicht REMARK3 REMARK290 REMARK350
• Bugfix: getProperty ("JSON", ....) sollte den Wert in {value: ...}
umbrechen
• Bugfix: MO persistente Transluzenz gebrochen in 11.x
• bug fix: show MENÜ schreiben MENÜ laden MENU alle eingelaufen 12.2
• Bugfix: {*} [n] sollte leer sein, wenn nAtoms
ist

Was ist neu in Version 14.0.7:

• Fehlerkorrektur: 14.0.6 fatal abgehört - unitcell und echo rendering, getProperty

Was ist neu in Version 14.0.5:

• Bugfix: LCAOCartoon Transluzenz gebrochen
• Bugfix: transluzentes Rückgrat defekt
• Bugfix: pqr, p2n Leser defekt
• Bugfix: Die isosurface map -Eigenschaft xxx kann fehlschlagen, wenn die Oberfläche ein Fragment ist, das (irgendwie) einen Punkt hat, der keinem darunter liegenden Atom zugeordnet ist.

Was ist neu in Version 14.1.5 Beta:

• Bugfix: LCAOCartoon Transluzenz gebrochen
• Bugfix: transluzentes Backbone defekt
• Bugfix: pqr, p2n Leser kaputt
• bug fix: Die isosurface map -Eigenschaft xxx kann fehlschlagen, wenn die Oberfläche ein Fragment ist, das (irgendwie) einen Punkt hat, der keinem darunterliegenden Atom zugeordnet ist.

Was ist neu in Version 14.0.4:

• Bugfix: Raketen kaputt
• Bugfix: PDB byChain, bySymop wird nicht unterstützt.

Was ist neu in Version 14.0.2:

• Bugfix: Modulation unterscheidet nicht zwischen q und t;
• Bugfix: modulierte Messungen funktionieren nicht
• Bug-Fix: Überspringe nicht das Set DefaultLattice "{NaN NaN NaN}"
• Bugfix: Isosurface-Map-Atomorbital schlägt fehl
• Bugfix: Vibrationsanzeige der Modulation mit Distanzen aktualisiert nicht
• Bugfix: Erschütterung verursacht unnötige Warnung in der Konsole
• Bugfix: Zeichnen Sie symop broken
• Bugfix: array.mul (matrix3f) stürzt Jmol
ab
• Bugfix: Wählen Sie symop = 1555 broken
• bug fix: Setzen der Auswahl dragSelected funktioniert nicht
• code: refactored CifReader, separiert MMCifReader und MSCifReader code: kleinere Umbenennung / Refactoring von Methoden in SV
• code: fügt javajs.api.JSONEncododable interface
hinzu
• super-einfache Implementierung in org.jmol.script.SV
• erlaubt Implementierungen von Javajs benutzerdefinierte JSON-Ergebnisse zu liefern

Was ist neu in Version 14.1.2 Beta:

• neues Feature: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (Applet, Ausdruck):
• besser als Jmol.evaluate, weil das Ergebnis eine JavaScript-Variable und keine Zeichenfolge ist.
• JSmol api Jmol.evaluate (Applet, Ausdruck) wird dekretiert
• neues Feature: getProperty ("JSON", ....):
• gibt den JSON-Code für die Eigenschaft
zurück
• erlaubt JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray ("variableInfo", "irgendein Ausdruck")
• neues Feature: getProperty variableInfo:
• ermöglicht den Abruf von Variablen im Java- oder JSON-Format
• wertet den Ausdruck
aus
• lautet standardmäßig "alle"
• neues Feature: Modulation einstellbar von q und t, bis zu d = 3:
• Modulation ein / aus (alle Atome)
• moduation {atom set} ein / aus
• Modulation int q-offset
• Modulation x.x t-offset
• Modulation {t1 t2 t3}
• Modulation {q1 q2 q3} WAHR
• neues Feature: pickedList:
• geordnetes Array von kürzlich ausgewählten Atomen
• kann genauso wie die PICKED-Variable verwendet werden, aber das ist sequentiell angeordnet, nicht zeitlich
• zweimaliges Klicken auf die Off-Struktur löscht die Liste
• @ {selectedList} [0] zuletzt ausgewähltes Atom
• @ {pickedList} [- 1] vorletztes ausgewähltes Atom
• @ {pickedList} [- 1] [0] die letzten zwei ausgewählten Atome
• neues Feature: array.pop (), array.push () - ähnlich wie JavaScript
• neues Feature: Modulationsskala x.x
• neues Feature: Überschrift & quot; xxxxx & quot; x.x - Anzahl der Sekunden, die ausgeführt werden sollen
• neues Feature: Modulation 0.2 // setzt den T-Wert
• neues Feature: array.pop (), array.push (x)
• a = []; a.push ("Testen"); Drucken a.pop ()
• neues Feature: Wählen Sie ON / OFF atom-set:
• schaltet Auswahl-Halos ein oder aus und führt die Auswahl durch
• nur Bequemlichkeit
• neues Feature: pt1.mul3 (pt2):
• gibt {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
zurück
• Wenn beide keine Punkte sind, wird auf einfache Multiplikation
zurückgegriffen
• new rature: array.mul3 (pt2) - wendet mul3 auf alle Elemente des Arrays an
• neues Feature: {atomset} .modulation (type, t):
• liefert P3 (Verdrängungsmodulation)
• nur für Typ = "D" implementiert (optional)
• optional t ist standardmäßig 0
• Bugfix: Modulation unterscheidet nicht zwischen q und t;
• Bugfix: modulierte Messungen funktionieren nicht
• Bug-Fix: Überspringe nicht das Set DefaultLattice "{NaN NaN NaN}"
• Bugfix: Isosurface Map Atomic Orbital fail
• Bugfix: Vibrationsanzeige der Modulation mit Entfernungen wird nicht aktualisiert
• Bugfix: Erschütterung verursacht unnötige Warnung in der Konsole
• Bugfix: Zeichnen Sie symop broken
• Bugfix: array.mul (matrix3f) stürzt Jmol
ab
• bug fix: select symop = 1555 kaputter Bugfix: set picking dragSelected funktioniert nicht
• code: refactored CifReader, wobei MMCifReader und MSCifReader
getrennt werden
• code: geringfügiges Umbenennen / Refactoring von Methoden in SV
• code: fügt javajs.api.JSONEncododable interface hinzu:
• super-einfache Implementierung in org.jmol.script.SV
• erlaubt Implementierungen von Javajs benutzerdefinierte JSON-Ergebnisse zu liefern

Was ist neu in Version 14.0.1:

• neues Feature: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (Standard 55)
• neues Feature: load () -Funktion, wie beim Drucken laden ("xxx"), begrenzte lokale Datei lesen in Applet:
• keine Root-Verzeichnis-Dateien
• keine Dateien ohne Erweiterung
• keine Dateien mit irgendwelchen & quot; /. & quot; im Pfad
• neues Feature: JAR-Dateien sicher signiert
• neues Feature: Applet-JAR-Dateien enthalten JNLPs (Java Network Launch Protocols) zum Laden lokaler Dateien
• neues Feature: JSmol URL-Optionen _USE = _JAR = _J2S = Überschreibungen für Info-Daten
• neues Feature: (war vorhanden, aber nicht dokumentiert) quaternion drucken ([array of quaternions]) - gibt spherical mean a la Buss und Fillmore
zurück
• neues Feature: print quaternion ([Array von Quaternionen], true):
• gibt die Standardabweichung für sphärisches Mittel a la Buss und Fillmore
zurück
• Einheiten sind Winkelgrade
• neues Feature - benannte Quaternion-Modul-Werte:
• Druckquaternion (1,0,0,0)% "Matrix"
• Optionen umfassen w x y z normal eulerzxz eulerzyz Vektor Theta-Achse axisy axisz-Achsenwinkel-Matrix
• ew-Funktion - set celShadingPower:
• setzt Stärke von cel shading
• Ganzzahlwerte
• Standard 10 ist eine dicke Linie
• 5 ist eine feine Linie
• 0 deaktiviert die cel shading Funktion
• negativer Wert entfernt innere Schattierung - nur Umriss
• arbeitet mit Pixeln, die auf der Normallichtquelle (Leistung & gt; 0) oder Benutzer (Leistung & lt; 0)
basieren
• setzt Farbe auf Hintergrundkontrast (schwarz oder weiß), wenn normal_z & lt; 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
• neues Feature: mmCIF liest Berichte _citation.title in der Jmol Scripting Console
• neues Feature: Minimiere SELECT {atomset} ONLY - ONLY-Option schließt alle anderen Atome aus
• neues Feature: minimiere {atomset} - implizites SELECT und ONLY
• neues Feature - & quot; Erweiterungen & quot; Verzeichnisse in JSmol für beigesteuerte JS- und SPT-Skripte:
• jsmol / js / ext
• jsmol / spt / ext
• neues Feature: load ... filter "ADDHYDROGENS" - local set pdbAddHydrogens nur für einen Ladebefehl
• neues Feature: vergleiche {1.1} {2.1} BONDS SMILES
• neues Feature: list = compare ({atomset1} {atomset2} "SMILES" "BONDS")
• neues Feature: schreibe JSON xxx.json
• neues Feature: [# 210] JSON {& quot; mol & quot;: ...} Leser
• ew-Funktion - set particleRadius:
• globaler Radius für Atome über dem maximalen Radius (16.0)
• ist standardmäßig auf 20.0
eingestellt
• neues Merkmal - CIF- und PDB-Filter & quot; BYCHAIN ​​& quot; und & quot; BYSYMOP & quot; für die Viruspartikulation:
• erzeugt nur ein Atom pro Kette oder pro Symop

Die Größe
• kann beispielsweise mit
größer als der Maximalwert von 16 Angström skaliert werden
• setze particleRadius 30;
• Raumfüllung 30; // eine Zahl über 16 verwendet stattdessen particleRadius
• neues Feature: list = compare ({atomset1} {atomset2} SmartsString & quot; BONDS & quot;)
• neues Feature: symop () - Funktion ermöglicht Symmetrie von Biomolekülfilter für PDB und mmCIF
• neues Feature - isourface SYMMETRY:
• wendet Symmetrieoperatoren auf isooberfläche an
• effizienteres Rendern und Erstellen
• Standardauswahl ist nur {symop = 1}
• Standardfarbe ist die Farbe nach Symop basierend auf propertyColorScheme
• Beispiel:
• lade 1stp-Filter "Biomolekül 1"
• Farbeigenschaft symop
• isosurface sa Auflösung 0.8 Symmetrie sasurface 0
• neues Feature - neue atom Eigenschaft: chainNo:
• sequentiell von 1 für jedes Modell;
• chainNo == 0 bedeutet "keine Kette" oder chain = ''
• neues Feature - neues propertyColorScheme & quot; freundlich & quot;:
• Farbblindheit-freundliches Farbschema
• verwendet bei RCSD
• neues Feature: JSpecView komplett Java-frei; beinhaltet 2D-NMR- und PDF-Druck von Spektren
• neues Feature - WRITE PDF "xxx.pdf" & quot; Qualität & gt; 1 fordert Landschaftsmodus an:
• verwendet effiziente benutzerdefinierte PDF-Erstellungsklassen
• passt das Bild an, wenn es zu groß ist
• neues Feature: JSpecView fügt PDF und 2D NMR für JavaScript
hinzu
• neues Feature: load & quot; == xxx & quot; FILTER & quot; NOIDEAL & quot; - Belastung der chemischen Komponente von der PDB unter Verwendung der "nicht idealen" Koordinatensatz
• Bugfix: CD wurde entfernt; ChemDoodle hat die Formate geändert; Verwenden Sie stattdessen JSON
• Bugfix: PDB- und CIF-Dateien zeigten Baugruppen wie PAU als große negative Zahl an
• Bugfix: COMPARE ohne Rotation startet Endlosschleife
• Bugfix: Schleifenproblem mit Verzögerung (-1)
• Bugfix: Mausrad für Chrome in JavaScript
• Bugfix: JavaScript-Popup-Menü für Sprachänderungen behoben
• Bugfix: JavaScript-Kernkomponenten werden nicht verarbeitet; Jmol._debugCode nicht erkannt
• Bugfix: Unitcell-Offset für Biomoleküle falsch; Ursprung falsch für Achsen.
• Bugfix: isooberfläche / mo FRONTONLY defekt
• Bugfix: Sprachlokalisierung in JavaScript
• Bugfix: ADF-Leser liest keine MO-Ausgabe von DIRAC Build 201304052106
• bug fix: Safari meldet gelbe Jmol-Informationen, anstatt zu applet zu fragen
• - Das Tag muss
sein
• Bugfix: CIF-Reader behandelt _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id nicht richtig
• - Falscher Atomsatz für die Ladung = 3fsx.cif Filter "ASSEMBLY 1"
• bug fix: [# 558 Kompatibilitätsproblem mit ChemDoodle] JSmol Fehler in der Definition von Number.toString ()
• Bugfix: Mausrad funktioniert nicht richtig
• Bugfix: JavaScript J2S-Compiler-Fehler erzwingt nicht int + = float to integer
• Bugfix: JavaScript WEBGL Option kaputt
• Bugfix: JavaScript NMR Calculation greift nicht auf Ressourcen zu
• Bugfix: JavaScript stereo nicht implementiert
• Bugfix: MOL-Reader-Fix für mehrere Modelldateien (nur 13.3.9_dev)
• Bugfix: MOL Reader Fehler mit Laden APPEND - setzt Atomzahlen nicht fort
• Bugfix: CIF-Modulationsleser liest keine linearen Kombinationen von Zellenwellenvektoren
• Bugfix: CIF-Lesung mit Filter "BIOMOLECULE 1" schlägt fehl, wenn nur die Identitätsoperation
• Bugfix: MMCIF-Reader liest nicht alle _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression-Optionen
• Bugfix: PDB CRYST entry 1.0 1.0 1.0 90 90 90 sollte "keine Einheitszelle" bedeuten. unabhängig vom Biomolekülfilter
• Bugfix: Isooberflächenplatte passt sich nicht gut für flache Moleküle wie HEM
an
• Bugfix: print userfunc () kann fehlschlagen (userfunc () ist in Ordnung)
• Bugfix: innerhalb (Helix) nicht für C-alpha-only-Polymere implementiert
• bug fix: _modelTitle wird nicht aktualisiert, wenn eine neue Datei geladen oder gezappt wird
• Bugfix: {*}. symop.all liefert keinen Symmetrieoperator
• Bugfix: für Dreifachbindung in SMILES in URLs
• Bugfix: build.xml fehlende PDF-Erstellungsklassen
• Bugfix: Im Anschluss an das Java-Update wurde die korrekte Pfadprüfung für das lokal signierte Applet
hinzugefügt
• Bugfix: {xxx} .property_xx wurde nicht im Status gespeichert (gebrochen am 8/7/2013 rev 18518)
• Bugfix: Manifeste aktualisiert für signierte und unsignierte Applet-JAR-Dateien
• Bugfix: Schreiben schlägt fehl
• Bugfix: Applet scriptWait () Methode kaputt
• Bugfix: PyMOL-Sitzung zeigt möglicherweise Einheit Zelle nach dem Lesen aus dem gespeicherten Zustand
• Bugfix: MMCIF-Reader schlägt für mehrere Assembly-Typen fehl
• Bugfix: CIF-Leser "Biomolekül 1" Übersetzen zu "molekular" anstatt "Assembly"
• Bugfix: Last Trajektorie mit mehreren Dateien funktioniert nicht
• Bugfix: JS-Applet-Popup-Menü wird bei Sprachwechsel nicht richtig geschlossen
• Bugfix: HTML-Checkbox-ID-Attribut nicht zugewiesen
• code: Refactoring von applet / appletjs code; org.jmol.util.GenericApplet
• Code: Refactoring, Vereinfachung von gepufferten Lesern und gepufferten Eingabeströmen.
• Code: JavaScript Refactoring, besser Build _... xml
• code: JavaScript Integer, Lang, Kurz, Byte, Float, doppelt überarbeitet
• Code: Begriffsklärung von GT ._
• code: Alle unnötigen inneren Klassen wurden auf die oberste Ebene
refactored
• code: isolierte util / ModulationSet mit api / JmolModulationSet
• code - Alle Applet-Sprachlokalisierung aus einfachen .po-Dateien:
• wie für JavaScript bereits
• müssen keine Klassendateien für Applet-Sprachen kompiliert werden
• keine Sprache .jar-Dateien
• Das neue jsmol / idioma-Verzeichnis enthält .po-Dateien für Java und HTML5
• code: schnelleres Isooberflächen-Rendering, das implizites & quot; frontonly & quot; mit wählen Sie nur {xxx}
• code: schnelleres Isooberflächen-Rendering mit implizitem "isosurfacepropertySmoothing FALSE" in relevanten (ganzzahligen) Fällen
• code: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - konsolidiert alle Verweise auf URL.getContent () und Class.getResource ()
• code: JavaScript funktioniert für innere Klassenprobleme mit der Umbenennung von Variablennamen
• code: work-around für eval (funktionName) funktioniert nicht in JavaScript.
• code: Experimentieren mit Umgebungsokklusion
• code: Erforderliche Manifeste, die für Java Ju51 (Januar 2014) hinzugefügt wurden.
• code: JmolOutputChannel wurde in javajs.util.OutputChannel
verschoben
• code: jsmol.php behoben, um & quot; in der saveFile-Methode
• code: Refactoring Parser in javajs.util
• code: DSSP wurde nach org.jmol.dssx verschoben, wodurch JSmol Bio Load um 20K reduziert wurde
• code: iText Paket abgeworfen, nicht mehr nec, da ich meinen eigenen PDF Creator geschrieben habe

Anforderungen :

• Laufzeitumgebung für Oracle Java Standard Edition