Marvin

Die Marvin Projekt bietet eine Sammlung von Java-Tools für die Erstellung, Anzeige und Charakterisierung von chemischen Strukturen, Substrukturen und Reaktionen.
Marvin kann einfach auf Ihrem Desktop installiert werden und sich nahtlos in Web-Seiten und Anwendungen von Drittanbietern über ihre Application Programming Interface (API) integriert.
Die Familie Marvin besteht aus folgenden Tools:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter

Applets oder Beans?
Marvin ist in zwei Pakete je nach Nutzung:
* Marvin Applets für die Web-Entwickler
* Marvin Beans für den Desktop der Apotheke und für die Software-Entwickler.
Marvin Applets sind Werkzeuge für den Aufbau chemischer Webseiten, die mit den meisten Browsern (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera, etc.) und bieten Zugang zum / JavaScript und sind mit dem Applet-Parameter individuell kompatibel sind.
Marvin Bohnen sind einfach zu installierende Anwendungen für den Desktop und Tools zur Integration von Marvin Fähigkeiten in jede Java-Anwendung

Was ist neu in dieser Pressemitteilung:.

• MarvinSketch:
• Öffentliche Datenbank-Suche in chemicalize.org.
• Möglichkeit zum Liganden, um in MarvinSketch ändern.
• Fog-Effekt kann auf verschiedene Arten gesteuert werden:
• Es gibt einen Schieberegler auf der Registerkarte Anzeige des Dialogfeld Einstellungen in der Skizze / Blick GUI, um die Stärke des Nebel-Effekt und ein Kontrollkästchen eingestellt, schalten Sie das automatische Nebeleffekt.
• Applet und Bohnen Parameter werden eingeführt: fogFactor, automaticFogEnabled. (Thema im Forum).
• Anbringen einer Gruppe Befestigungspunkt nicht automatisch die Gruppierung SGROUP mehr.
• Bestimmung von Inhalt S-Gruppe:. Mehrfach und generische S-Gruppen, die gesamte Untergraphen zwischen den Anleihen Überschreiten der Klammern enthalten haben
• Update der Inhalt der S-Gruppe, wenn Halterung Positionen ändern: Winkeln oder die Struktur bewegt
.
• S-Gruppe Einbettung und Überlappung an Molekül Konsistenzprüfung überprüft.
• SMARTS-Import unterstützt aliphatische Kohlenstoffe mit Doppelbindung (Thema im Forum).
• SMILES Import / Export unterstützt Allene.
• Erstellen Sie traditionelle Name für Fragmente innerhalb einer größeren Verbindung (zB & quot; Dextromethorphanhydrobromid Zoll).
• Unterstützung für CAS-Nummer Konvertierung.
• Verbesserte OCR-Fehlerkorrektur in DocumentExtractor (fehlende Kommas, Klammern falsch erkannten Typ, zusätzliche Leerzeichen, ...).
• Document Extractor auf PDF-Dokumente, gibt jetzt die Seite Zugriffe.
• Verbesserte Unterstützung von gebräuchlichen Namen in der Struktur-zu-Namen und Name-zu-Struktur. Die allgemeine Unterstützung für Namen Import um rund 5% für allgemeine und 10% für die systematischen Namen erhöht. Umwandlungsgeschwindigkeit um etwa 20% erhöht.
• JChem und Marvin Beans Installationsprogramme für Windows-Extrakt auch Shell-Skript für Cygwin.
• Preserve exocycyclic Gruppen in Bemis-Murcko Frameworks.
• Halogen kann mehr als eine Verbindung während der Enumeration zu haben.
• Aromatische Schuldverschreibungen während der Berechnung der Anzahl der Doppelbindungen auf Homologie Immobilienprüfung berücksichtigt.
• Lasso-Auswahlmodus kann als Standard in MSketchPane (Thema im Forum) sein werden.
• Eine neue Funktion, isChiral wurde zu TopologyAnalyzer hinzugefügt.
• New Chmical Nutzungsfunktionen: isQuery (), fieldAsString ()
.
• Bugfixes:
• Feld Name wurde nach Gruppenerstellung aktualisiert, da die Schaffung einer Gruppe haben Graph invariant Änderungszähler (Thema im Forum) nicht zu erhöhen.
• MarvinSketch Anwendung verstand nicht & quot; - {Name} & quot; Kommandozeilenparameter.
• Wenn die Struktur & gt; Finden Sie strukturieren Online-Menü wurde unter Linux aufgerufen, könnte der Standard-Browser nicht erkannt zu Ergebnis (Thema im Forum) angezeigt werden.
• Die Beladung des isotopes.data Datei aus dem Java-Cache versagt, wenn seine unkomprimierte Version wurde im Cache gespeichert (dh, wenn die Dekomprimierung wurde automatisch durch den Webserver nicht durch Marvin getan, und). Forum Thema Dokumentation.
• Grafische Objekte nicht im Ergebnisfenster Geometrie Plugin angezeigt.
• Auf der elektronenFlussPfeil wurde die Blue-Box für die Hervorhebung (Thema im Forum) verpasst.
• Ligand Bestellung wurde nicht auf dem Schafott angezeigt, wenn die Definitionen gelöscht wurden, auch wenn die & quot; Always & quot; Anzeigeoption wurde für & quot gesetzt; Ligand Bestellungen & quot; auf der Einstellungen-Dialog.
• Index der Multicenter-Atom wurde nach dem Export in MDL Mol-Format, wenn es zu einer R-Gruppe verbunden wurde beschädigt.
• Pfeil stecken, um Rechtecke wurde während Mrv Import / Export (Thema im Forum) beschädigt werden.
• Import von 1-Buchstaben-Peptid gescheitert an einem Histidin (Thema im Forum).
• Implizite Wasserstoffe wurden durch den Import von skc fehlt.
• Null-Eigenschaftswert des MolAtom nicht exportiert wurde / in Mrv Format importiert.
• Durch den Import von bestimmten SMARTS wurde falsch Bindungstyp anstelle von einzelnen oder aromatische Bindung bestimmt.
• Einige Klammern aus Cdx Dateien in ChemDraw gezogen importiert wurden, in die falsche Richtung angezeigt.
• SMARTS Export:. 1-Atom-Einfachbindung Nachbar von einem aromatischen Ring als Einfachbindung anstelle der Einzel / aromatische
exportiert
• Exportieren von Abfragen mit Verbindungsknoten und R-Gruppen in SMARTS-Format nicht korrekt waren.
• Die H-Atom Handling war in SMARTS Ausdrücke zweideutig.
• Mol-Datei Kommentarfeld Import fehlgeschlagen.
• Der Import bestimmter SMILES falsch war (Thema im Forum).
• Wenn die Vorlage enthält eine Kettenteil, der in der Ziel als Teil eines Rings (oder Ringsystem) befinden können, wir sollten diesen Teil der Vorlage zu ignorieren.
• Die Möglichkeit Clean3D Fein mit Hydrogenize nicht automatisch aufheben S-Gruppen (Thema im Forum).
• Molecule.contractSgroups () durcheinander die Molekül-Koordinaten (Thema im Forum).
• Explizite Wasserstoffe nicht richtig berücksichtigt in cis / trans-Stereochemie Berechnung berücksichtigt.
• Tautomer Generator warf ArrayIndexOutOfBoundsException in einigen Fällen.
• Homologie Aufzählung produziert inkonsistent Moleküle aus irgendeinem VMN-Eingang.
• Falsche Anklage rechnen nach dem Auftragen CovalentCounterion Fixierer.
• Die Protokollausgabeformat StructureChecker Befehlszeile unterschied sich von Ausgabeformat des Assistenten.
• ChiralFlagErrorChecker nicht Chiralität korrekt. Statt der Berechnung Chiralität von Paritätsdaten, verwendet es eine Implementierung auf der Grundlage der Methode der isChiral TopologyAnalyser.

Was ist neu in Version 5.4.0.1:

• Highlighting des Elektronenflusses Pfeile war falsch, wenn die Basis oder Endpunkt war eine Anleihe (Thema im Forum).
• Serialized Menü Konfiguration nicht.
• Der Index der Multicenter-Atom wurde falsch bei MDL MolFile Export bei Strukturen, bei denen die R-Gruppe wurde der multizentrischen Atom (Positionsänderung Anleihen) verbunden erstellt.
• Implizite Wasserstoffe wurden von den Atomen nach dem Import oder Paste von Strukturen in ISIS / Symyx Sketch-Dateiformat (SKC-Dateiformat) fehlen.
• CDX-Dateien einschließlich gedreht grafische Objekte aus alten Versionen von ChemDraw exportiert konnte nicht importiert werden.
• Tautomer Berechnung
• Generische Tautomer war nicht eindeutig genug, in einigen Fällen. Durch das Update wird die generische Tautomer vorgesehen aromatische Form.
• Canoncical Tautomer Berechnung hat sich durch die fix von Dearomatisierung verbessert.
• Bestimmte Strukturen mit expliziten Wasserstoffe mit Keilbindung verknüpft gab eine Ausnahme während generische Tautomerisierung.
• Volumenberechnung aus cxcalc fehlt.
• Struktur Checker warf Nullpointerexception statt falsche Konfigurationsdatei ignoriert.

Was ist neu in Version 5.1.03.2:

• IUPAC Namens import: Umwandlung von IUPAC-Namen, um Strukturen.
• OLE-2-Unterstützung:. Eine bessere Unterstützung von Einfügen MarvinSketch Objekte in MS Office-Dokumente
• Chemical Ausdrücke:. Von Marvin in der Befehlszeile, API und kann in Java-Skripte verwendet werden (in Applets)
• Accelerated Initialisierung MarvinSketch und MarvinView beim Start, sowohl als Standalone-Version, und wie umgesetzt Komponente in andere Anwendungen.

Anforderungen :

• Java 2 Standard Edition Runtime Environment