CLC Main Workbench

Dieses 4-wöchige, voll funktionsfähige Demo von CLC Combined Workbench aggregiert alle DNA-Sequenzanalysen der CLC Gene Workbench und aller Proteinsequenzanalysen der CLC Protein Workbench. Alle Analysen sind vollständig in eine einzige, benutzerfreundliche und intuitive Softwareanwendung integriert.

Was ist neu in dieser Version:

Verbesserungen

• Aktualisiert
• Ein Fehler mit der Ausführung von BLAST auf macOS Sierra wurde behoben.
• Aktualisierte PFAM-Links, die vom Pfam gemeldet wurden
• Es wurde ein in der CLC Main Workbench 7.7.2 eingeführtes Problem behoben, in dem alphabetisch nach RdeGBI aufgelistete Enzyme Methylierungsinformationen fehlten.
• Verschiedene kleinere Bugfixes.

Was ist neu in Version 7.7.2:

Arbeitsabläufe

• Workflow-Ausgaben können nun so konfiguriert werden, dass Unterordner, die die Ausgänge enthalten, erstellt werden.
• Für die Definition der Namen der Workflowausgaben stehen folgende neue Platzhalter zur Verfügung: {user}, {host} und für Elemente des Zeitstempels des Ausgabeobjekts {year}, {month}, {day}, {hour}, {Minute}, {second}.
• Platzhalter in den Workflow-Ausgabennamen, die bisher nur als Ziffern verfügbar waren, können nun mit schriftlichen Namen angegeben werden: {name} ist ein Synonym für {1} und {input} ist eine Synonyme für {2}.
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  Bei Verwendung des {2} Platzhalters für die benutzerdefinierte Benennung in Workflow-Ausgabeelementen werden nur noch freigeschaltete Eingaben in den generierten Namen übernommen.

  
  
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  Im generierten pdf mit allen konfigurierten Parametern eines Workflows listen Einträge für Parameter, die mit einem Tool oder einem Eingabeelement verbunden sind, nun die Namen der definierenden Elemente auf. Zuvor wurden die Parameterlisten für solche Elemente leer gelassen.

  
  
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  Wenn ein Werkzeugname in einem Workflow geändert wurde, wird der ursprüngliche Name neben dem geänderten Namen beim Exportieren von Workflowparametern eingefügt.

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  Die Historienansicht von Datenelementen, die mit einem Workflow erstellt wurden, enthält nun Informationen über den Workflow, der sie erstellt hat.

  
  
• Die Reihenfolge der Werkzeuge im Workflow-Menü "Add Element" entspricht nun der Reihenfolge im Workbench Toolbox Menü
• Verbesserte Workflow-Validierung, um den Benutzer bei der Identifikation von Eingaben zu unterstützen, die aufgrund der Konfiguration der Workflow-Elemente ignoriert werden.

& nbsp;

& nbsp;

• Das Quick Launch Tool befindet sich nun im Toolbox-Menü statt im View-Menü und eine Schaltfläche namens Launch, die dieses Tool in die Symbolleiste aufnimmt.

• Analysen können nun auf Datenelemente gestartet werden, die in der Ergebnistabelle einer Lokalen Suche aufgeführt werden, indem Sie die interessierenden Elemente auswählen, mit der rechten Maustaste klicken und durch das Kontextmenü navigieren.

  
  

& nbsp;

& nbsp;

• Eine Option zum Entfernen von Metadaten-Zuordnungen aus ausgewählten Datenelementen wurde in der Metadatenelemente-Ansicht im Kontextmenü mit der rechten Maustaste hinzugefügt.

• In der Ansicht "Zugeordnete Metadaten finden" ist es jetzt auch möglich, im Navigationsbereich zu suchen, wenn mehrere Zeilen markiert sind.

  
  
• Beim Importieren von Metadaten aus einer Tabellenkalkulation mit darin enthaltenen Formeln wird nun das Ergebnis der Auswertung der Formel (wie in Excel dargestellt) anstatt der Formel selbst importiert.

& nbsp;

• Die gesamte Kommunikation des NCBI-Servers ist nun verschlüsselt. (NCBI wird alle Webdienste zum HTTPS-Protokoll am 30. September 2016 verschieben).

  
  

• Die Liste der vorinstallierten Enzyme in der Workbench & nbsp; wurde von REBASE aktualisiert.

  
  

• Die Option "ist nicht in der Liste" wurde als neue Filteroption hinzugefügt.

  
  

• Gruppendetails werden nun in der Element-Info-Ansicht der Sequenzlisten angezeigt.

  
  

• GenBank import erlaubt nun auch Dateinamen mit der Erweiterung 'GBFF'.

  
  

• Das Werkzeug "Ordner sortieren" verwendet nun die numerische Sortierung für Dateinamen mit einer Zahl vorangestellt.

• Für die Definition der Namen der Exporter-Outputs stehen neue Platzhalter zur Verfügung: & nbsp; {User}, & nbsp; {host} und für Elemente des Zeitstempels des Ausgabeobjekts {Jahr}, & nbsp; {Monat}, & nbsp; {Tag}, & nbsp; {Stunde, & nbsp; {Minute} & nbsp; {Second}. & Nbsp; & lt; / li & gt ;.
• Platzhalter in Export-Ausgabennamen, die bisher nur als Ziffern verfügbar waren, können nun mit Hilfe von schriftlichen Namen angegeben werden: {input} ist ein Synonym für {1}, {extension} ist ein Synonym für {2} und {counter} ist ein Synonym für {3}.

Was ist neu in Version 7.7.1:

• Es wurde ein Problem behoben, das beim Ausführen von Workflows mit mehreren Eingaben im Batch entstand, wobei Änderungen an vordefinierten festen Eingaben während des Startvorgangs nicht angewendet wurden.
• Ein Problem wurde behoben, bei dem das Motivsuchwerkzeug falsch alle Übereinstimmungsgenauigkeiten als 0% oder 100% gemeldet hat.
• Ein Problem wurde behoben, bei dem das Sortieren eines Ordners beim Einspielen einen Fehler auslösen konnte.
• Im Batchmodus-Dialog wurde ein Fehler behoben, der zu einem Fehler führen würde, wenn Probleme im Zusammenhang mit der zugrunde liegenden Datei oder dem Speicherort aufgetreten sind.

Was ist neu in Version 7.7:

Importieren von Metadaten - einfacher und einfacher Metadatenimport. Dieses Tool ergänzt die im Metadatentabellen-Editor verfügbaren Tools.

Was ist neu in Version 7.6.4:

• Ein Fehler wurde behoben, wenn die Suche nach Sequenzen im NCB-Tool nicht zum Herunterladen von Nukleotidsequenzen mit der Fehlermeldung "Die folgenden Sequenzen wurden nicht korrekt heruntergeladen."
• Ein Problem mit dem BLAST im NCBI-Schritt des Create Protein Report-Tools wurde behoben.
• Es wurde ein Fehler behoben, der zu einem Fehler während des VCF-Exportes führte, wo die betreffenden Daten ursprünglich aus VCF-Dateien importiert wurden und die Werte im Feld QUAL ganze Zahlen waren.
• Der Export von Fließkommazahlen (Dezimalzahlen) in das VCF & nbsp; -Format war zuvor abhängig vom angegebenen Gebietsschema. Dies wurde so festgelegt, dass das & nbsp; Dezimaltrennzeichen & nbsp; jetzt immer ein Punkt ist.
• Bei der automatischen Zuordnung von Metadaten zeigt das Protokoll nun an, welche Metadatenzeilen nicht mit Daten verknüpft wurden.
• Es wurde ein Fehler behoben, der verhindert, dass manuelle Informationen von der Workbench aus aufgerufen werden können.
• Ein Fehler wurde behoben, bei dem die automatische Zuordnung unter Verwendung einer auf einem CLC-Server gespeicherten Metadatentabelle fehlschlug.
• Die automatische Zuordnung von Metadaten verarbeitet nun die Zuordnung basierend auf dem Präfix von Datennamen und exakt dem Dateinamen.
• Eine Metadatentabelle benötigt keine Schlüsselspalte mehr für ihre Zeilen, die manuell mit Datenelementen verknüpft werden soll.
• Eine Option, die zuvor in der Konfiguration von Workflow-Ausgaben sichtbare Metadatenrollen zu überschreiben, wurde entfernt.
• Es wurde ein Fehler behoben, der stattfand, wenn ein Workbench Data Location auf eine Datei im System statt auf einen Ordner verweist. Sie wird nun im Navigationsbereich der Arbeitsbibliothek nicht angezeigt.
• Aktiviert Tooltips für alle Parameter bei der Projektierung und Ausführung von Workflows.
• Der Anmeldevorgang von einer Workbench zu einem CLC Server muss nun abgeschlossen sein, bevor eine clc url gestartet wird.
• Beheben eines Problems auf Macs, bei denen die Workbench nicht als benutzerdefinierter Protokoll-Handler für clc: // urls erkannt wurde.
• Aufgelöst wurde eine selten auftretende Ausnahme, die durch das Doppelklicken der Switcheditor-Ansicht ausgelöst werden konnte.

Was ist neu in Version 7.6.3:

Neue Funktionen und Verbesserungen

• Das Batching an ausgewählten Elementen ist nun möglich: Es wurde nur auf ausgewählte Ordner beschränkt.
• Man kann nun mit der Suche nach Sequenzen im NCBI-Tool "EST" als Datenbank auswählen.
• Das Werkzeug Hierarchische Clustering von Samples kann nun als Teil von Workflows und auf dem Server ausgeführt werden.
• Verbesserte Speicherverwaltung beim Umgang mit großen Berichtselementen
• Tooltips auf Blättern von phylogenetischen Bäumen zeigen nun eine Beschreibung der beigefügten Sequenz an.
• Bei der Erstellung einer Kopie eines Workflow mit "Open Copy of Workflow" werden die Namen der Workflow-Elemente nicht mehr angehängt.
• Metadatenverwaltung. Verfolgen Sie die Eingabedateien und importieren Sie Metainformationen für Ihre Beispiele.

Fehlerkorrekturen

• Es wurde ein seltenes Problem behoben, bei dem die Workbench eine Fehlermeldung bei der Installation eines lizenzierten Plugins von Drittanbietern anzeigen würde.
• Es wurde ein Problem behoben, bei dem die Auswahl eines Eintrags in einer Blast-Ergebnistabelle die falsche Ausrichtung im Blast-Editor hervorheben konnte, wenn die Tabelle gefiltert oder sortiert wurde.
• Es wurde ein Fehler behoben, bei dem das Anklicken einer Annotation im Editor des Design-Primers zu einer Fehlermeldung führen konnte.
• Es wurde ein Problem behoben, bei dem Annotationen, die die Enden einer kreisförmigen Sequenz überspannten, nicht korrekt in die kreisförmige Sequenzansicht platziert wurden.
• Es wurde ein Fehler behoben, der bewirkt, dass die Workbench einfriert, wenn bestimmte Sequenzen in kreisförmiger Ansicht mit radialer Darstellung von Etiketten angezeigt wurden.
• Feste exportierte Berichte mit dem falschen Autor in bestimmten Situationen
• Ein Problem wurde behoben, bei dem Create Box Plot und Principal Component Analysis manchmal mit illegalen Argumenten ausgeführt werden konnten, was zu einer Fehlermeldung führte.
• Die Ausgabe des Reverse Complement Sequence-Tools erhält nun den Suffix -RC, der dem Namen der Eingabe anstelle von -1 vorher angehängt wird.
• Ein Fehler wurde behoben, wenn die Option zur Berechnung der Partitionsfunktion für lange Moleküle (& lt; 1000 Nucleotide) ausgewählt wurde

• Es wurde ein Problem behoben, bei dem man nach dem Vergrößern von sehr großen Arbeitsabläufen nicht vergrößern konnte.
• Es wurde ein Problem behoben, das verhindert, dass ein Stammordner auf Windows-Laufwerken als Dateispeicherort verwendet wird.
• Ein Problem wurde behoben, bei dem das Aktualisieren einer vorhandenen Installation unter Windows dazu führt, dass die .vmoptions-Datei gelöscht wird, wodurch die Workbench mit der Standard-Java-Konfiguration ausgeführt wird.

Was ist neu in Version 7.6.2:

• Eine Arbeit zu einem Java-Problem wurde hinzugefügt, die gelegentlich dazu führte, dass die Workbench einen uninformativen Fehler anzeigte und einen Neustart erforderte, um die Arbeit fortzusetzen.
• Es wurde ein Problem mit laufendem BLAST bei NCBI behoben, bei dem ein NCBI-erzeugter Fehler über die zu überschreitende CPU-Nutzungsgrenze nicht transparent gemeldet wurde und stattdessen ein Ergebnis von "no hits" gemeldet wurde.
• Ein Update wurde angewendet, um eine Ausnahme in Situationen zu vermeiden, in denen die Bereinigung von heruntergeladenen Dateien aus BLAST fehlgeschlagen ist.
• Das Tool Reverse Translate ignorierte jeden in den Codon-Häufigkeitstabellen angegebenen genetischen Code. Alle Rückübersetzungen würden somit auf den genetischen Standardcode zurückgehen.
• Bei der Installation eines Workflows mit gebündelten Daten ist es nicht mehr möglich, einen schreibgeschützten Ordner zum Speichern der Daten auszuwählen.
• Falsche Anzeige des "unterstützten Formats" beim Exportieren von Elementen aus dem Ordner-Editor oder dem lokalen Such-Editor.
• Behebung der potenziellen falschen Datei, die beim Bearbeiten einer über den lokalen Such-Editor gefundenen Datei gespeichert wird.
• Plots innerhalb von Berichten werden nun mit ihren gespeicherten Einstellungen auf der Seite angezeigt.
• Feste Einsparung verschiedener Linienfarben in Parzellen durch die Seitenwand.
• Seitliche Option, um Legenden für ein Diagramm mit mehr als 10 Samples anzuzeigen, ist nun aktiviert.
• Es wurde ein Fehler behoben, der beim Rendern von Plots für leere Datensätze zu einem Fehler führte.
• Ein Problem wurde behoben, bei dem die Option "Papierkorb leeren" manchmal fehlerhaft nicht verfügbar war.

Was ist neu in Version 7.6.1:

• Der GTF-Exporteur ist nun für die Main Workbench verfügbar.
• Transkriptomics-Experiment und Beispieltabellen können nun auch mit einer großen Anzahl von Zeilen sortiert werden.
• Verbesserte Excel-, HTML- und tabulatorgetrennter Export von Varianten (Wählen Sie nur die Anmerkungen / Spalten, die Sie benötigen).

• Im Cloning-Editor wurde ein Fehler behoben, der das "Cut Sequence Before / After Selection" -Tool beeinflusst.
• Ein Fehler wurde behoben, bei dem ein Rechtsklick mit einem Rechtsklick schnell mit einem Doppelklick auf OS X (in der Liste der Persistenzsuchergebnisse, in der Toolbox-Struktur und im Workflow-Editor) interpretiert wurde.

Was ist neu in Version 7.6:

• Tracks:
  • Konstante Ausgabe bei Anreicherung von Variantenspuren und Annotationsspuren mit zusätzlichen Tabellenspalten. Ausgabeschienen aus diesen Werkzeugen haben nun die gleiche Anzahl von hinzugefügten Tabellenspalten und die Spalten stehen immer in derselben Reihenfolge. Wenn eine hinzugefügte Spalte leere Werte für alle Variantenzeilen enthielt, wäre sie aus der finalen Tabelle entfernt worden, was zu einer unterschiedlichen Anzahl und relativen Reihenfolge zusätzlicher Spalten führte, wenn mehrere Samples mit denselben Tools / Workflows verarbeitet wurden. Alle Spalten werden jetzt beibehalten, wodurch die nachgelagerte Verarbeitung von exportierten Tabellen erleichtert wird und sofortige visuelle Hinweise darauf gegeben werden, welche Anreicherungs- / Anmerkungswerkzeuge angewandt wurden, auch wenn sie keine Ergebnisse für ein bestimmtes Muster liefern.
  • Tabellen für Variantenspuren und Annotationsspuren können nun Spalten mit Zellen mit mehreren Zahlen sortieren und filtern.
  • Verbesserter Spurbetrachter für Variantenspuren, um die Sequenzänderung der gerenderten Variante anzuzeigen.
  • Grafikspuren zeigen nun negative Werte nach oben bis y = 0 (wie erwartet).
  • Erhöhte Dezimalstellen für Zahlen beim Exportieren der Tabelle in CSV, Tabulatortext und Excel.
  • Verbesserte Meldung von Fehlern im Zusammenhang mit geringem Speicherplatz.
  
  

Was ist neu in Version 7.5.1:

• Es ist jetzt möglich, einen Workflow ohne optionale Eingabe auszuführen.
• Das AAC-Tool hat keine Varianten in 3'-UTR mit deren Änderung auf DNA-Ebene im HGVS-Format c.xxx kommentiert. Dies beeinflusst jede Analyse, die mit Gx 7.5 oder früher auf der Grundlage von ENSEMBL CDS-Tracks von älteren Versons durchgeführt wurde. Die AAC-Analyse sollte mit Gx 7.5.1 für eine korrekte Annotation wiederholt werden.
• Pfam-Filterfehler behoben. Früher meldete Pfam nur die erste Domäne jedes Typs in einer Abfrage und als Folge wurden viele Domänen verpasst. Wir empfehlen, dass Nutzer, deren Recherche auf Pfam-Annotationen angewiesen ist, das Tool auf ihre Daten zurückführen.
• Ein Fehler im Tool 'Maximum Likelihood Phylogeny' wurde behoben, das bei der Erzeugung von Bootstrap-Werten für bestimmte Eingabe-Alignments fehlgeschlagen ist.
• Beim Auswählen von Objekten als Parameter in Tool-Assistenten wurde das Problem mit dem Scrollen auf die relevanten Dateien behoben.
• Die Blast-Textresultate wurden verbessert, so dass sie die korrekten Abfrage- und Motivpositionen unabhängig vom Strang anzeigen.
• Es wurde ein Problem behoben, das BLAST-Operationen bei der Auswahl auf dem CLC-Server verhindert hat.
• Es ist jetzt möglich, einen Workflow ohne optionale Eingabe auszuführen.